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    目前已有許多可供選用的蛋白質(zhì)抗原表位作圖方法，如用于研究抗原抗體復合物晶體結構，或分析龐大的隨機肽鏈序列庫等。競爭分析法、基因表達分析法和合成肽鏈分析法等是應用以及技術zui成熟的方法。

推薦使用表位作圖方法和基本條件

 

    通過競爭分析法進行表位作圖是應用非常廣泛的一種方法，該法能夠快速鑒定兩種不同的單克隆抗體是否能夠與同一蛋白質(zhì)抗原結合，或他們與蛋白質(zhì)結合位點是否重疊。如果兩種抗體結合同一位點，兩者就不可能同時與一特定抗原結合。這種方法可以通過標記已知抗原或標記已知抗體用于不同類型的檢測中。常用的方法是用抗原包被96孔板，用未標記的抗體1去封閉抗原與標記抗體2的結合位點，通常可用放射性同位素或酶標記。

 

    通過一組單克隆抗體在競爭分析法中的應用，使得一系列蛋白質(zhì)抗原的空間結構表位得以確定，該方法非常通用而且十分準確。例如，用這種方法已經(jīng)確定了10多種SV40大T抗原上獨立的表位（Gannon和Lane 1990）。這種方法特別適用于鑒定針對特殊蛋白的新的單克隆抗體與識別同樣抗原的其他單克隆抗體的差異（Wagener等1983，1984；Kuroki等1990，1992a，b）。此法既可用于與構象表位結合的抗體，也可用于與線性表位結合的抗體分析。

 

    第二種表位作圖法是基于將蛋白抗原消化成較小的片段，然后再檢測抗體是否與其中那些片段結合的方法。過去常用化學法和蛋白酶降解法使抗原蛋白質(zhì)變成較小片段。這些方法仍然實用，但隨著重組蛋白質(zhì)表達系統(tǒng)的建立，可用重組基因方法得到蛋白質(zhì)小片段。但此種方法要求隨機地或者特異性地構建編碼蛋白質(zhì)小片段的開放閱讀框，表達蛋白質(zhì)片段。并需采用相應的方法檢測抗體與表達蛋白質(zhì)片段發(fā)生反應的特異性。

 

    在該項研究中，利用DNA片段表達技術表達重組蛋白質(zhì)的方法很多，包括從基因片段的*合成（Alexander等，1992）到利用噬菌體顆粒表面呈現(xiàn)等技術，表達通過DNA酶消化產(chǎn)生DNA開放閱讀框的隨機片段（Petersen等，1995；Fack等，1997）。

 

    所有這些方法均是有效的，因為只需要表達小量的蛋白質(zhì)來檢測抗體是否能與之結合。在使用中只要有少量的蛋白質(zhì)正確的折疊，將可使該方法出現(xiàn)抗原抗體的陽性結合反應，所以該方法可以用在線性表位和構象表位的抗原表位作圖。

 

    下面將舉一個有用的例子，即通過PCR擴增得到已知的基因片段，然后通過轉錄和翻譯，在體外表達，表達的蛋白抗原用同位素標記?？贵w與標記同位素的抗原結合，并利用免疫沉淀法和凝膠電泳法鑒定。

 

    第三種表位作圖的方法僅用在抗體與短的線性肽鏈表位結合的免疫印跡方法中，這些抗體結合的表位是利用噬菌體呈現(xiàn)技術將較大的隨機抗原肽序列庫表達在噬菌體表面，并進行鑒定。同時，也可分析大量隨機合成肽鏈庫。此外，還有更加簡便的方法，即含有抗原表位的蛋白質(zhì)氨基酸序列或其基因片段，可以通過合成（或購買）已知可折疊的蛋白質(zhì)肽鏈庫而獲得。這些肽鏈庫能夠利用簡單的抗原抗體結合反應即可證實，同時可鑒定5～15個氨基酸長度的線性表位。