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            基因表達(dá)分析新技術(shù)(二)

            閱讀:723          發(fā)布時間:2011-11-12

            生物通報道:科學(xué)家們?yōu)榱四苌钊肓私馓禺愋曰虮磉_(dá),發(fā)展了許多實驗技術(shù),比如芯片技術(shù),PCR,高通量測序等,但是要想得到的結(jié)果,仍然依賴于實驗操作人員對于技術(shù)掌握的熟練程度。而且隨著基因表達(dá)研究越來越多,為了確保公布的結(jié)果的性,對于相關(guān)分析也越來越嚴(yán)格。不過所幸目前也有了更多基因表達(dá)分析相關(guān)的產(chǎn)品,這些產(chǎn)品帶來的新技術(shù)也許能幫助我們解決難題。生物通 www.ebiotrade.com
            接上文Science:基因表達(dá)分析新技術(shù)(一)
            高通量芯片應(yīng)用思路交流會,與專家面對面,不容錯過!生物通 www.ebiotrade.com
            多重PCR需要多條引物,而要確認(rèn)擴(kuò)增的特異性,就得先保證引物的靶標(biāo)特異性,在這方面,Beckman Coulte公司推出了一款引物設(shè)計軟件:eXpress Designer,這一軟件能配合Beckman本身的幾個PCR產(chǎn)品,完成,特異性強(qiáng)的設(shè)計。Beckman的產(chǎn)品Handy Yowanto還指出了引物設(shè)計的幾個小貼士——首先要確保引物是跨越內(nèi)含子的片段(intron spanning),并盡量減少基因組其它DNA的干擾。同時也不要涉及到SNPs出現(xiàn)的位置,因為這也許會減少產(chǎn)量。除此之外,當(dāng)然更多的操作能增加設(shè)計的熟練程度,隨著對于這項技術(shù)在不同實驗中的應(yīng)用,設(shè)計引物也會變得越來越容易。
            qPCR標(biāo)準(zhǔn)生物通 www.ebiotrade.com
            要從PCR實驗中獲得的結(jié)果需要注意到大量的細(xì)節(jié),早在1997年,倫敦大學(xué)瑪麗皇后學(xué)院的分子生物學(xué)教授Stephen Bustin就意識到了這個方面,他表示,而且研究人員在發(fā)表文章的時候也沒有提供詳細(xì)的有關(guān)如何操作定量PCR的詳細(xì)信息,有時信息還是錯誤的,這造成了不少問題。
            2009年,Bustin教授與他的同事出版了定量實時PCR實驗的指導(dǎo)手冊:MIQE,這一免費手冊得到了Bio-Rad公司的支持(Bio-Rad公司贊助推出*個MIQE qPCR iPad app),其它一些大型的供應(yīng)商,比如安捷倫,Life Technologies,Thermo Fisher也都提供了重要的信息,除此之外來自比利時Biogazelle公司還補(bǔ)充了qbasePLUS這一qPCR分析軟件——這是MIQE中*提及的分析軟件。生物通 www.ebiotrade.com
            這一MIQE(Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments)為研究人員提供了必要的資源和核對表,提供了一套在上推出的指導(dǎo)方針,就評價QPCR實驗和發(fā)表文章時所必需的實驗信息提出了zui低限度的標(biāo)準(zhǔn), 也提供了一個出版時所要附帶的checklist。目前MIQE可從蘋果的App Store商店免費獲得,MIQE qPCR app幫助研究人員實現(xiàn)了qPCR實驗的準(zhǔn)確、透明和可靠。該應(yīng)用中不同顏色的核對表區(qū)分了必要和可取的MIQE要求,并直觀地顯示了過程。用戶可直接鏈接到MIQE相關(guān)的文獻(xiàn),或者通過電子郵件向?qū)<以儐栍嘘P(guān)qPCR或MIQE的問題。應(yīng)用中有著的qPCR資源、參考文獻(xiàn)和新聞。
            單細(xì)胞表達(dá)分析生物通 www.ebiotrade.com
            平均數(shù)據(jù)是個謊言,對于基因表達(dá)來說,平均數(shù)據(jù)并不能代表整個群體中任何一個細(xì)胞的特征,比如說,某種特異基因的表達(dá)柱形圖也許只代表了兩個不同細(xì)胞群中的兩個峰值。而且有時候真相只存在于單細(xì)胞,而不是群體水平細(xì)胞中,許多生物過程也許就只是單個細(xì)胞驅(qū)使,或者說調(diào)控的。
            但是要分析單細(xì)胞并不容易,而且如果在分析單細(xì)胞的時候,只關(guān)注到一些基因,也許就會錯失表達(dá)模式機(jī)制,來自Fluidigm公司的BioMark HD高通量基因分析系統(tǒng)也許能幫助解決這個問題——這一系統(tǒng)配合其動態(tài)芯片,能同時追蹤96個細(xì)胞中的96個基因。生物通 www.ebiotrade.com
            單細(xì)胞分析的另外一個問題就是分辨率,天然的單細(xì)胞十分小,這也就意味著實驗樣品的材料并不多,研究人員需要對這些寶貴的材料進(jìn)行有效的分析,這需要高性能微流體來幫忙,BioMark HD的一大創(chuàng)新點就是集成流體通路(Integrated Fluidic Circuit,IFC)技術(shù),這一技術(shù)利用集成電路制作工藝在硅片或石英玻璃上刻上許多微管和微腔體,通過不同的控制閥門控制溶液在其中的流動來實現(xiàn)生物樣品的分液、混合、PCR擴(kuò)增。這一技術(shù)極大地簡化了生物樣品和試劑的分液操作,提高分析通量和靈敏度,其納升級的反應(yīng)體系為高通量的基因分析應(yīng)用節(jié)省大量成本(試劑用量更少,樣品量更少)。
            除此之外,F(xiàn)luidigm公司的Dynamic Array(48.48動態(tài)芯片和96.96動態(tài)芯片)和Digital Array(12.765數(shù)碼芯片和48.770數(shù)碼芯片)能應(yīng)用于不同的基因分析,比如拷貝數(shù)變化分析、遺傳突變檢測、基因分型、基因定量、單細(xì)胞基因表達(dá)等,這有利于研究人員的進(jìn)一步分析檢測。

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