毛細管柱的選擇一般建議從以下幾方面考慮：
一、毛細管柱柱長度的選擇：
一般情況，15m柱用于快速篩選簡單混合物或分子量高的化合物。30m柱是普遍的柱長。超長柱(50、60或100、150m)用于非常復(fù)雜的樣品。分辨率與柱長的平方根成正比。在其他條件不變的情況下 , 為取得加倍的分辨率需有 4 倍的柱長。較短的柱子適于較簡單的樣品 ,尤其是由那些在結(jié)構(gòu)、極性和揮發(fā)性上相差較大的組分組成的樣品。
二、毛細管柱柱內(nèi)徑的選擇：
柱徑直接影響柱子的效率、保留特性和樣品容量。小口徑柱比大口徑柱有更高柱效，但柱容量更小。
0.25mm ：具有較高的柱效，柱容量較低。分離復(fù)雜樣品較好。
0.32mm ：柱效稍低于 0.25mm 的色譜柱，但柱容量約高 60% 。
0.53mm：具有類似于填充柱的柱容量，可用于分流進樣，也可用于不分流進樣，當(dāng)柱容量是主要考慮因素時(如痕量分析)，選擇大口徑毛細管柱較為合適。
三、毛細管柱液膜厚度的選擇 ：
液膜厚度影響柱子的保留特性和柱容量。厚度增加，保留也增加。
一般而言，色譜柱的膜厚為0.25到0.5um。對于流出達300℃的大多數(shù)樣品(包括蠟、甘油三酯、甾族化合物等)能夠很好的分析。對于更高的洗脫溫度，可以用0.1um的液膜。而厚液膜對于低沸點化合物有利，對于流出溫度在100℃～200℃之間的物質(zhì)，用1～1.5um的液膜效果較好。超厚膜(3～5um)用于分析氣體、溶劑和可吹掃出來的物質(zhì)，以增加樣品組分與固定相的相互作用。另一個選擇厚膜的原因是當(dāng)用大口徑柱時保持分離度和保留時間。由于這個原因，大口徑柱都是有厚膜。厚膜的流失較大，溫度極限必須隨膜厚度增加而下降。
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