96孔PCR儀的均勻性是PCR儀的重要指標(biāo)，也是實(shí)驗(yàn)人員非常關(guān)心的問題。造成各個(gè)孔位的溫度不均勻的因素大致有以下幾個(gè)：

1、 制冷半導(dǎo)體片的不均勻
2、 控溫點(diǎn)的數(shù)量
3、 邊緣效應(yīng)及減弱辦法
4、 散熱器的散熱均勻性
5、 模塊的材料及形狀
6、 升降溫速度

一、 制冷半導(dǎo)體片的不均勻
現(xiàn)在的PCR儀大都是用半導(dǎo)體制冷片來控制溫度的，其通電后一面熱另一面冷，反向電極則熱冷面反向。
半導(dǎo)體制冷片雖然是工業(yè)化生產(chǎn)，都幾乎都是手工的生產(chǎn)的，因此每一片都有差別，大的生產(chǎn)商會(huì)根據(jù)用戶的需要進(jìn)行配對(duì)，如一臺(tái)PCR儀要三片就三片配成大致相同的阻值。阻值一般是廠家寫在每片制冷片上的（自己用萬用表是量不準(zhǔn)的，因?yàn)橐煌娖錅囟染妥兓?，阻值就?huì)改變）
因此半導(dǎo)體片的質(zhì)量會(huì)影響PCR儀的均勻性。一般大的生產(chǎn)廠家出廠時(shí)問題不大，但使用一段時(shí)間后，半導(dǎo)體片的性能會(huì)下降，但下降程度并不一致，則溫度差別就表現(xiàn)出來了。
大的問題是維修。半導(dǎo)體片本身是不能維修的。一般PCR儀都是多片半導(dǎo)體，普通維修會(huì)只更換其中一片，這樣就會(huì)造成新的跑得快，舊的跑得慢，溫度差別就大了。如果每片半導(dǎo)體片下面都有各自的溫度傳感器，則可以補(bǔ)償一些，如果是像AB的低端型號(hào)2720，4片半導(dǎo)體片只有一個(gè)溫度傳感器，則問題大了。當(dāng)然更換半導(dǎo)體片后的裝配也是技術(shù)性很強(qiáng)的活，不經(jīng)過嚴(yán)格的培訓(xùn)是做不到家的。這也是為什么大廠一般不在現(xiàn)場(chǎng)維修，而是要返廠，并且是一次性更換一套半導(dǎo)體片，因此成本較高。東勝龍811也是一律返廠并成套更換的。

二、控溫點(diǎn)的數(shù)量
一方面半導(dǎo)體片本身有一定的差異，另一方面使用一段時(shí)間后性能會(huì)下降，但下降程度并不一致，還有就是邊緣的和中間的半導(dǎo)體片的反面散熱不一致（后面會(huì)講到），這些都會(huì)造成模塊溫度的不均勻。常用的解決辦法是在每片半導(dǎo)體片下面安放溫度傳感器，并有相應(yīng)的控制電路獨(dú)立控制和校準(zhǔn)（這樣做生產(chǎn)商的成本會(huì)上升）。如AB的9700就有三個(gè)傳感器及相應(yīng)的電路，而低端的只有一個(gè)。
多傳感器還有一個(gè)好處是可以分別控制不同的溫度，產(chǎn)生溫度梯度。