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            pcr應(yīng)用中確認RNA的質(zhì)量常用的三種方法

            時間:2021/3/28閱讀:4506
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            實時熒光定量PCR技術(shù)是通過測定RNA的轉(zhuǎn)錄水平來評估基因的活力。RNA樣本提取的質(zhì)量直接影響基因表達分析。影響RNA品質(zhì)的因素有以下三種:RNA濃度、RNA純度和RNA完整性。

            檢測RNA濃度、純度和完整性的方式主要有以下幾種:

            紫外分光光度計法:

            測量260nm吸收值計算RNA濃度,測量260nm/280nm吸收值的比值,用于評估RNA純度。需要注意的是:在檢測核酸物質(zhì)時應(yīng)該在固定的PH溶液中進行。

            260nm/280nm的比值范圍在 1.9~2.1 之間。<1.9,說明有蛋白質(zhì)殘留;>2.1,說明RNA可能發(fā)生降解。

            瓊脂糖凝膠電泳:

            完整的RNA通常有三條帶,最亮的是28S條帶,其次是18S條帶,最淡的是5S條帶(部分試劑盒提取時會過濾掉5S條帶)。通過瓊脂糖凝膠電泳可以檢測28S和18S的比值。該方法主要用于檢測RNA的純度和完整性。

            如果28S和18S條帶明亮、清晰、條帶銳利,28S的亮度在18S條帶的兩倍以上,我們認為RNA的質(zhì)量好。

            若RNA條帶出現(xiàn)彌散,原因可能:RNA被核酸酶降解、電壓或電流過大、上樣量過高或過低等。

             

            上述兩種方法在實驗室比較常用,此外還有幾種檢測方式供大家選擇。

            熒光染料檢測:

            通過熒光染料和RNA結(jié)合,熒光活性增強。此方法的靈敏度較高,主要用于檢測RNA的濃度。

            微毛細管電泳:

            可使用軟件的RIN(RNA Integrity Number)分數(shù)評估,10為RNA完整性好,0為最差。此方法的靈敏度和分辨率較高,可用于檢測RNA濃度、純度和完整性。

            3’-5’完整性檢測:

            是在一個RNA樣本中檢測GAPDH mRNA的完整性來代表所有RNA的完整性,主要用于檢測RNA的完整性。

             

            得到高品質(zhì)RNA的小建議:

            1、盡量避免RNA酶污染,使用無RNA酶的耗材和試劑,建議將擴增前后的場所分開。

            2、盡量減少采樣時間,樣品處理后快速冷凍,可以加入RNA保護劑。

            3、RNA提取過程中可以使用RNA酶抑制劑。

            4、存儲過程中避免反復(fù)凍融。

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