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利用血細(xì)胞計數(shù)板進(jìn)行直接計數(shù)。
 計數(shù)前需對樣品做適當(dāng)稀釋,然后將經(jīng)過適當(dāng)稀釋的菌懸液（或孢子懸液）放在血細(xì)胞計數(shù)板的計數(shù)室內(nèi),按照在顯微鏡下觀察到的微生物數(shù)目代入計算公式運算后,即可得出單位體積微生物總數(shù)目。
 此法的優(yōu)點是直觀、快速。
 用于直接測數(shù)的菌懸液濃度一般不宜過低或過高（常大于106個/mL）?；钴S運動的細(xì)菌應(yīng)現(xiàn)用甲醛殺死或適度加熱以停止其運動。
 顯微計數(shù)法適用于各種含單細(xì)胞菌體的純培養(yǎng)懸浮液,如有雜菌或雜質(zhì),常不易分辨。
 菌體較大的酵母菌或霉菌孢子可采用血球計數(shù)板,一般細(xì)菌則采用彼得羅夫·霍澤（Petrof Hausser）細(xì)菌計數(shù)板。
 兩種計數(shù)板的原理和部件相同,只是細(xì)菌計數(shù)板較薄,可以使用油鏡觀察。而血球計數(shù)板較厚,不能使用油鏡,計數(shù)板下部的細(xì)菌不易看清。
 每個方格網(wǎng)共分九個大方格,中間的方格即為計數(shù)區(qū)。
 計數(shù)區(qū)分為16個中方格,而每個中方格又分成25個小方格，即計數(shù)區(qū)都由400個小方格組成。
 每毫升菌懸液中含有細(xì)胞數(shù)=每個小格中細(xì)胞平均數(shù)（N）³ 系數(shù)（Κ ）³ 菌液稀釋倍數(shù)（d）。