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該系統(tǒng)的主要影響因素是因在蛋白上引入標記物可導致蛋白生物活性改變，因為標記的結(jié)果，本質(zhì)上是制造了一個由目的蛋白和標記物氨基酸序列融合而成新的蛋白。因此，使用該技術(shù)時，應該認識到是研究新的蛋白特性，而不是研究蛋白的原來特性。但實踐經(jīng)驗表明這并不成為很大的問題，通過標記蛋白獲得的信息可以采用針對原始未標記蛋白的抗體證實。
第二方面的主要影響因素是在進行表位標記時，許多目前使用的標記物是由已知的蛋白（如myc基因產(chǎn)品）片段組成。這意味著抗標記物抗體不僅識別被研究的標記蛋白，同時還可能識別其他細胞蛋白，研究發(fā)現(xiàn)目前使用的針對許多表達載體標記物的抗體具有交叉反應性。為此應用的抗標記物抗體研究標記蛋白時，均應快速檢測其交叉反應性。
此外，一些標記物系統(tǒng)受保護，并僅通過商業(yè)途徑向外供應。這可能會給實驗室的使用帶來經(jīng)濟上的負擔。
