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①主要(優(yōu)勢)菌群：指腸道菌群中數量大或種群密集度大的細菌，一般在10～10cfu/g以上，包括類桿菌屬、優(yōu)桿菌屬、雙歧桿菌屬、瘤胃球菌屬和梭菌屬等專性厭氧菌，通常屬于原籍菌群。優(yōu)勢菌群是對宿主發(fā)揮生理功能的菌群，在很大程度上影響著整個菌群的功能，決定著菌群對宿主的生理病理意義。
②次要菌群：數量在10～10cfu/g以下，主要為需氧菌或兼性厭氧菌，如大腸桿菌和鏈球菌等，流動性大，有潛在致病性，大部分屬于外籍菌群或過路菌群。
乳桿菌在數量上歸為次要菌群，在回腸中含量較高，但是其具有較為重要的功能，因此在功能上歸屬于優(yōu)勢菌群。
優(yōu)勢菌群與微生境的特征密切相關，以厭氧菌為主的優(yōu)勢菌群，一般生存在清除速率較低、營養(yǎng)豐富的微生境，如結腸，所以菌群密集度和多樣性高；而兼性或需氧菌群一般生活在清除速率高的微生境，如小腸近端，其菌群密集度和菌群多樣性較低，由于菌群密集度低，很難稱得上是“優(yōu)勢菌群"；在酸性微生境中，耐酸、產酸的細菌成為優(yōu)勢菌群。微生境的改變，可使菌群中的優(yōu)勢菌群發(fā)生替換，如便秘時大便優(yōu)勢菌群主要是革蘭陰性厭氧菌，慢性腹瀉時常見革蘭陽性桿菌為優(yōu)勢菌群，而在嚴重急性腹瀉時大便中的優(yōu)勢菌群為致病性細菌或某些兼性/需氧細菌。在腸道中，盡管專性厭氧菌是主要菌群，占據優(yōu)勢，但這些菌群又依賴于需氧菌或兼性厭氧菌等次要菌群的存在，因為后者在增殖過程中消耗氧氣，保證前者的生長條件。一個生理性組合的腸道菌群是有益的，而病理性組合的腸道菌群是有害的。
人體腸道內的微生物中，超過99%都是細菌，存活著數量大約有100兆個，有500～1000個不同的種類。這些數目龐大的細菌大致可以分為三個大類：有益菌、有害菌和中性菌。
有益菌，也稱之為益生菌，主要是各種雙歧桿菌、乳酸桿菌等，是人體健康*的要素，可以合成各種維生素，參與食物的消化，促進腸道蠕動，抑制致病菌群的生長，分解有害、有毒物質等。
有害菌，數量一旦失控大量生長，就會引發(fā)多種疾病，產生致癌物等有害物質，或者影響免疫系統的功能。
中性菌，即具有雙重作用的細菌，如大腸桿菌、腸球菌等，在正常情況下對健康有益，一旦增殖失控，或從腸道轉移到身體其他部位，就可能引發(fā)許多問題。
人體的健康與腸道內的益生菌群結構息息相關。腸道菌群在長期的進化過程中，通過個體的適應和自然選擇，菌群中不同種類之間，菌群與宿主之間，菌群、宿主與環(huán)境之間，始終處于動態(tài)平衡狀態(tài)中，形成一個互相依存，相互制約的系統，因此，人體在正常情況下，菌群結構相對穩(wěn)定，對宿主表現為不致病。
有研究指出，體魄強健的人腸道內有益菌的比例達到70%，普通人則是25%，便秘人群減少到15%，而癌癥病人腸道內的益生菌的比例只有10%。