二氧化碳培養(yǎng)箱污染是導致細胞培養(yǎng)失敗的一個主要因素，所以要減少和防止污染的發(fā)生，主要途徑是盡量減少微生物可以生長的區(qū)域和表面，采取消毒措施。
例如，針對箱內濕熱環(huán)境易滋生細菌等問題，我們采用在1000 mL水中加2 mL新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內空氣，培養(yǎng)物酒精擦拭人箱內，盤里的水至少要一周換一次，控制污染，可以維持適應的蒸發(fā)作用，減少箱內微生物滋生速度。
為了培養(yǎng)箱免受污染并且儀器箱體內的生物清潔性，有些二氧化碳培養(yǎng)箱設計了自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。目前有多種消毒滅菌方式， 如帶有紫外消毒功能的CO2培養(yǎng)箱。
還有的設計生產了HEPA過濾器能過濾培養(yǎng)箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3/an以上的顆粒，此外，還有設計了能使箱內達到高溫濕熱的環(huán)境從而殺死污染微生物，達到消毒滅菌目的的培養(yǎng)箱。
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