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一、原理：免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。其原理是：當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質(zhì)X的抗體免疫沉淀X，那么與X在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)Y也能沉淀下來。目前多用精制的prorein A預(yù)先結(jié)合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應(yīng)后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。
其優(yōu)點為：（1）相互作用的蛋白質(zhì)都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)；（2）蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的，可以避免人為的影響；（3）可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復(fù)合物。缺點為：（1）可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用；（2）兩種蛋白質(zhì)的結(jié)合可能不是直接結(jié)合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；（3）必須在實驗前預(yù)測目的蛋白是什么，以選擇zui后檢測的抗體，所以，若預(yù)測不正確，實驗就得不到結(jié)果，方法本身具有冒險性。
二、準備工作：
預(yù)冷PBS，RIPA Buffer，細胞刮子（用保鮮膜包好后，埋冰下），離心機
1. 用預(yù)冷的PBS洗滌細胞兩次，zui后一次吸干PBS；
2. 加入預(yù)冷的RIPA Buffer（1ml/107個細胞、10cm培養(yǎng)皿或150cm2培養(yǎng)瓶，0.5ml/5×106個細胞、6cm培養(yǎng)皿、75cm2培養(yǎng)瓶）
3. 用預(yù)冷的細胞刮子將細胞從培養(yǎng)皿或培養(yǎng)瓶上刮下，把懸液轉(zhuǎn)到1.5EP管中，4℃，緩慢晃動15min（EP管插冰上，置水平搖床上）
4. 4℃，14000g離心15min，立即將上清轉(zhuǎn)移到一個新的離心管中
5. 準備Protein A agarose，用PBS 洗兩遍珠子，然后用PBS配制成50%濃度，建議減掉槍尖部分，避免在涉及瓊脂糖珠的操作中破壞瓊脂糖珠
6. 每1ml總蛋白中加入100μl Protein A瓊脂糖珠（50%），4℃搖晃10min（EP管插冰上，置水平搖床上），以去除非特異性雜蛋白，降低背景
7. 4℃，14000g離心15min，將上清轉(zhuǎn)移到一個新的離心管中，去除Protein A珠子
8. （Bradford 法）做蛋白標準曲線，測定蛋白濃度，測前將總蛋白至少稀釋1：10倍以上，以減少細胞裂解液中去垢劑的影響（定量，分裝后，可以在-20℃保存一個月）
9. 用PBS將總蛋白稀釋到約1 μg/μl，以降低裂解液中去垢劑的濃度，如果興趣蛋白在細胞中含量較低，則總蛋白濃度應(yīng)該稍高（如10 μg/μl）
10. 加入一定體積的兔抗到500μl總蛋白中，抗體的稀釋比例因興趣蛋白在不同細胞系中的多少而異
11. 4℃緩慢搖動抗原抗體混合物過或室溫2h，激酶或磷酸酯酶活性分析建議用2 h室溫孵育
12. 加入100μl Protein A瓊脂糖珠來捕捉抗原抗體復(fù)合物，4℃緩慢搖動抗原抗體混合物過或室溫1h，如果所用抗體為鼠抗或雞抗，建議加2 μl"過渡抗體"（兔抗鼠IgG，兔抗雞IgG）
13. 14000rpm瞬時離心5s，收集瓊脂糖珠-抗原抗體復(fù)合物，去上清，用預(yù)冷的RIPA buffer洗3遍，800μl/遍，RIPA buffer有時候會破壞瓊脂糖珠-抗原抗體復(fù)合物內(nèi)部的結(jié)合，可以使用PBS
14. 用60μl 2×上樣緩沖液將瓊脂糖珠-抗原抗體復(fù)合物懸起，輕輕混勻，緩沖液的量依據(jù)上樣多少的需要而定（60 μl足夠上三道）
15. 將上樣樣品煮5min，以游離抗原，抗體，珠子，離心，將上清電泳，收集剩余瓊脂糖珠，上清也可以暫時凍-20℃，留待以后電泳，電泳前應(yīng)再次煮5min變性。
RIPA Buffer配制：
基礎(chǔ)成分：
Tris-HCl（緩沖液成分，防止蛋白變性）
NaCl（鹽份，防止非特異蛋白聚集）
NP-40（非離子去污劑，提取蛋白；用H2O配制成10%儲存液）
去氧膽酸鈉（離子去污劑，提取蛋白；用H2O配制成10%儲存液；避光保存）
注意：準備激酶（致活酶）實驗時，不要加去氧膽酸鈉，因為離子型去污劑能夠使酶變性，導(dǎo)致活性喪失。
RIPA蛋白酶抑制劑
苯甲基磺酰氟（PMSF）（用異丙醇配制成200mM的儲存液，室溫保存）
EDTA（鈣螯合劑；用H2O配制成100mM的儲存液，PH 7.4）
亮抑酶肽（Leupeptin）（用H2O配制成1mg/ml的儲存液，分裝，-20℃保存）
抑蛋白酶肽（Aprotinin）（用H2O配制成1mg/ml的儲存液，分裝，-20℃保存）
胃蛋白酶抑制劑（Pepstatin）（用甲醇配制成1mg/ml的儲存液，分裝，-20℃保存）
RIPA磷酸（酯）酶抑制劑
激活的Na3VO4（用H2O配制成200mM的儲存液，見Sodium Orthovanadate Activation Protoco）
NaF（200mM的儲存液，室溫保存）
注意：在準備做磷酸（酯）酶實驗的時候，不加磷酸酯酶抑制劑
工作液配制：
配制100ml的modified RIPA buffe：
1. 稱取790mg 的Tris-Base，加到75ml 去離子水中，加入900mg的NaCl，攪拌，直到全部溶解，用HCl調(diào)節(jié)PH值到7.4
2. 加10 ml 10%的NP-40
3. 加2.5 ml 10%的去氧膽酸鈉，攪拌，直到溶液澄清
4. 加1 ml 100mM的EDTA，用量筒定容到100ml，2-8℃保存
5. 理論上，蛋白酶和磷酸酯酶抑制劑應(yīng)該在使用當天同時加入（抑蛋白酶肽，亮抑酶肽,胃蛋白酶抑制劑各100 μl; PMSF, Na3VO4, NaF各500 μl），但是PMSF在水溶液中很不穩(wěn)定，30分鐘就會降解一半，所以PMSF應(yīng)該在使用前現(xiàn)加，其他抑制劑成分可以在水溶液中穩(wěn)定5天。
各種成分在工作液中的終濃度：
* Tris-HCl: 50 mM, pH 7.4
* NP-40: 1%
* 去氧膽酸鈉：0.25%
* NaCl: 150 mM
* EDTA: 1 mM
* PMSF: 1 mM
* 抑蛋白酶肽，亮抑酶肽,胃蛋白酶抑制劑: 各1 μg/ml
* Na3VO4: 1 mM
* NaF: 1 mM
三、實驗流程為：
（1）轉(zhuǎn)染后24-48 h 可收獲細胞，加入適量細胞裂解緩沖液（含蛋白酶抑制劑），冰上裂解30min, 細胞裂解液于4°C，zui大轉(zhuǎn)速離心30 min后取上清；
（2）取少量裂解液以備Western blot分析，剩余裂解液加1μg相應(yīng)的抗體加入到細胞裂解液，4°C緩慢搖晃孵育過；
（3）取10μl protein A 瓊脂糖珠，用適量裂解緩沖液洗3 次，每次3,000 rpm離心3 min；
（4）將預(yù)處理過的10μl protein A 瓊脂糖珠加入到和抗體孵育過的細胞裂解液中4°C緩慢搖晃孵育2-4h，使抗體與protein A瓊脂糖珠偶連；
（5）免疫沉淀反應(yīng)后，在4°C 以3,000 rpm 速度離心3 min，將瓊脂糖珠離心至管底；將上清小心吸去，瓊脂糖珠用1ml裂解緩沖液洗3－4次；zui后加入15μl的2×SDS 上樣緩沖液，沸水煮5分鐘；
（6）SDS-PAGE, Western blotting或質(zhì)譜儀分析。通過免疫共沉淀確定結(jié)合蛋白
1．用磷酸鹽緩沖液洗30塊10 cm培養(yǎng)板上的適宜細胞。刮去每塊板上的細胞到1 ml冰冷的EBC裂解緩沖液中。
2．將每毫升細胞懸液轉(zhuǎn)移到微量離心管中，在微量離心機上4℃以zui大速度離心15 min。
3．收集上清（約30 ml）并加入30μg的適當抗體，4℃搖動免疫沉淀物1 h。
4．加入0.9 ml的蛋白質(zhì)A-Sepharose 懸液，4℃搖動免疫沉淀物30 min。
5．用含900 mmol/L NaCl的NETN洗蛋白A-Sepharose混合物，再重復(fù)洗5次。zui后，用NETN洗一次。
6．吸出混合物的液體部分。加入800μl的1×SDS膠加樣緩沖液到球珠中，煮沸4 min。
7．將樣品加入到大孔的不連續(xù)SDS-PAGE梯度膠中，在10 mA的恒定電流下電泳過。
8．通過考馬斯藍染色觀察蛋白質(zhì)泳帶。
9．從膠上切下目標帶，將其放到微量離心管中，用1ml 50%乙腈洗兩次，每次3 min。
10． 用胰蛋白酶消化膠中的蛋白質(zhì)，再將肽電洗脫。
11． 通過窄孔液相色譜分離肽。將收集的肽在ABI 477A或494A機器上進行自動Edman降解測序。
四、注意的問題：
（1）細胞裂解采用溫和的裂解條件，不能破壞細胞內(nèi)存在的所有蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用，多采用非離子變性劑（NP40 或Triton X-100）。每種細胞的裂解條件是不一樣的，通過經(jīng)驗確定。不能用高濃度的變性劑（0.2％SDS），細胞裂解液中要加各種酶抑制劑，如商品化的 cocktailer。
（2）使用明確的抗體，可以將幾種抗體共同使用
（3）使用對照抗體：
單克隆抗體：正常小鼠的IgG或另一類單抗
兔多克隆抗體：正常兔IgG
在免疫共沉淀實驗中要保證實驗結(jié)果的真實性，應(yīng)注意以下幾點：
（1） 確保共沉淀的蛋白是由所加入的抗體沉淀得到的，而并非外源非特異蛋白，單克隆抗體的使用有助于避免污染的發(fā)生；
（2） 要確保抗體的特異性，即在不表達抗原的細胞溶解物中添加抗體后不會引起共沉淀；
（3） 確定蛋白間的相互作用是發(fā)生在細胞中，而不是由于細胞的溶解才發(fā)生的，這需要進行蛋白質(zhì)的定位來確定。
