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[供應]Rubicon R300381-循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構建試劑盒,Rubicon
TAKARA旗下Rubicon公司PicoPLEX™DNA-seq試劑盒旨在擴增單細胞基因組DNA，以便在Illumina®新一代測序（NGS）平臺上可靠檢測染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異（CNV）?？蓱糜诎ㄊ褂寐蚜亚蚝妥甜B(yǎng)外胚層細胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細胞擴增的循環(huán)腫瘤細胞（CTC）中的CNV檢測。
PicoPLEX™DNA-seq試劑盒使用技術，單管三步法3小時內(nèi)完成單細胞擴增。
PicoPLEX™DNA-seq試劑盒旨在擴增單細胞基因組DNA，以便在Illumina®新一代測序（NGS）平臺上可靠檢測染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異（CNV）?？蓱糜诎ㄊ褂寐蚜亚蚝妥甜B(yǎng)外胚層細胞的植入前基因篩查（PGS）和需要單細胞擴增的循環(huán)腫瘤細胞（CTC）中的CNV檢測。
PicoPLEX DNA-seq Kit
適用Illumina®NGS平臺的單細胞文庫制備
Single Cell Library Preparation for Illumina® NGS Platforms
英文名稱：PicoPLEX DNA-seq Kit
中文名稱：PicoPLEX DNA-seq單細胞文庫制備試劑盒
用途：單細胞DNA擴增制備illumina文庫，用于植入前遺傳診斷和循環(huán)腫瘤細胞檢測。
成功實例：PicoPLEX DNA-seq試劑盒已成功處理單卵裂球，滋養(yǎng)外胚層細胞和培養(yǎng)細胞。
PicoPLEX DNA-seq試劑盒可為單一細胞提供穩(wěn)定且可重現(xiàn)的DNA擴增，用于有限的測序覆蓋度分析，不適用于高覆蓋率的深度測序，如從頭測序和/或全基因組測序。
測序平臺：PicoPLEX庫推薦的測序平臺是Illumina MiSeq系統(tǒng)和HiSeq 2000/2500。要在Illumina NextSeq測序儀上使用，請在庫準備之前技術咨詢。
PicoPLEX®技術 - 曾用于微陣列（arrays）法的單細胞拷貝數(shù)變異檢測，現(xiàn)在有單管形式可在Illumina NGS平臺上使用。 PicoPLEX WGA（單細胞全基因組擴增）長期以來一直被*的IVF診所用于植入前基因篩查和診斷，以檢測染色體非整倍體和拷貝數(shù)變異。
PicoPLEX DNA-seq試劑盒簡化了文庫制備，整個過程在單個試管或單孔內(nèi)進行，減少了錯誤和污染，加快了時間，并降低了成本。PicoPLEX DNA-seq試劑盒包含48份反應，包含將48份單細胞或DNA（6 pg至60 pg）轉換為illumina NGS文庫所需的一切，包括雙端索引（illumina indexes，放在一次性使用的微孔板中）。
Rubicon Picoplex試劑訂購信息
48次反應，包含一次性使用96孔板的48個雙端illumina indexes。
品牌 | 貨號/新貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
Rubicon | RB3050/R30050 | PicoPLEX WGA Kit，array CGH、PCR分析用 | 50Rxns |
Rubicon | RB3381/R300381 | PicoPLEX DNA-seq Kit，48種雙端illumina indexes | 48Rxns |
PicoPLEX DNA-seq試劑盒受美國8,206,913和歐盟待決申請的保護，僅供研究使用。
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Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術，檢控嚴格，擁有cGMP級生產(chǎn)能力，有多個OEM合作伙伴，是單細胞測序文庫構建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。
單細胞新一代測序簡介
新一代測序（NGS）能夠對許多應用進行精確和無偏差的基因組分析，包括檢測染色體非整倍性，拷貝數(shù)變異（CNV）、插入和缺失。這些檢測尤其適用IVF診所的胚胎植入前基因篩查（PGS）和癌癥遺傳學。
所有這些應用的起始材料由于使用單細胞而受到限制，并且需要基因組的可重復性擴增作為NGS下游分析的先決條件。 PicoPLEX DNA-seq試劑盒專為滿足這種不斷增長的需求而開發(fā)，可幫助從單個細胞制備Illumina兼容NGS文庫。
PicoPLEX DNA-seq文庫用于表征*的基因組特征，包括體外受精（IVF）診所PGS診斷所需染色體非整倍體異常和拷貝數(shù)變異檢測，以及癌癥研究的單腫瘤細胞（如CTC）。
PicoPLEX DNA-seq 優(yōu)點
減少ambiguity：高度可重復的CNV和非整倍體檢測
減少工作流程：三步完成從單細胞到測序即用文庫的制備
降低成本：單個試劑盒包含測序文庫制備所需一切
減少污染和錯誤：文庫制備在單管或單孔中完成，不需要轉移
縮短結果時間：Illumina NGS文庫在不到3個小時內(nèi)制備好
循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構建試劑盒,Rubicon
Highly Reproducible CNV Detection Over the Entire Genome：Amplified libraries from 11 individual flow-sorted H929 cells were sequenced on an Illumina MiSeq® and downsampled to 250,000 total reads. Thirty-five base single-end reads were mapped to human over the entire genome.
染色體1中高度可重復的CNV檢測：每個單獨的H929細胞中（參見上圖），如粉紅色或藍色條所示，在染色體1中*檢測到22Mb丟失和30Mb增加。
PicoPLEX DNA-seq Kit試劑盒參數(shù)
樣本
上樣量：該試劑盒每次反應可容納5μL加樣量（細胞和緩沖液zui高2.5μL）。如果細胞在1x PBS中，則不要超過2.5μL的PBS。
適用樣本：1-10個哺乳動物細胞（例如卵裂球，極體，滋養(yǎng)層細胞，羊膜細胞，CTC，培養(yǎng)細胞）；分離的DNA（6 pg - 60 pg人類DNA）；超過50 pg加樣量是可能的，但需要在步驟6和10處優(yōu)化；分選的染色體。
樣本采集兼容方法：流式分選（不要固定），稀釋和顯微操作與PicoPLEX DNA-seq兼容。
細胞洗滌：建議在PBS（不含鈣，鎂和BSA）中洗滌并限制洗滌緩沖液低于2.5μL。
反應時間
PicoPLEX DNA-seq試劑盒可在<3小時內(nèi)裂解細胞并準備好含indexes的NGS適用文庫。
運輸和存儲：PicoPLEX DNA-seq試劑盒（目錄號R300381）在干冰上運輸。試劑盒應在抵達后保存在-20°C。
質(zhì)量控制：PicoPLEX DNA-seq Kit使用新一代測序（NGS）對應規(guī)格進行測試，以確保產(chǎn)品質(zhì)量和*性。
安全信息：遵循標準的實驗室安全程序并穿戴合適的實驗服，防護眼鏡和一次性手套，以確保人身安全并減少樣品制備和后續(xù)擴增反應過程中潛在的交叉污染。更多信息請參閱相應MSDS。
原理和工作流程
PicoPLEX DNA-seq原理圖
PicoPLEX DNA-seq基于Rubicon Genomics的PicoPLEX技術，用于單細胞基因組DNA（gDNA）擴增，該技術使用多重循環(huán)的隨機引物進行可重復文庫構建。 PicoPLEX DNA-seq Kit遵循PicoPLEX WGA Kit的相同三步工作流程，包括細胞裂解，預擴增和zui終擴增。首先，特制配方裂解細胞并打斷DNA。接著，專門設計的隨機引物通過對產(chǎn)物進行zui小限度的擴增來選擇性地預擴增DNA，以產(chǎn)生高度可重現(xiàn)的文庫。zui后，用包含Illumina雙重條形碼的引物進行PCR擴增得到測序就緒文庫。
組份
組份 | 顏色 |
Cell Extraction Buffer細胞提取緩沖液 | 綠色 |
Extraction Enzyme Dilution Buffer 提取酶稀釋緩沖液 | 紫色 |
Cell Extraction Enzyme 細胞提取酶 | 黃色 |
Pre-Amp Buffer 預擴增緩沖液 | 紅色 |
Pre-Amp Enzyme 預擴增酶 | 白色 |
Amplification Buffer 擴增緩沖液 | 桔色 |
Amplification Enzyme 擴增酶 | 藍色 |
Nuclease-Free Water 無核酸酶水 | 透明 |
Dual Index Plate 雙端index 微孔板 |
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Quick Protocol 快速使用手冊 |
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循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構建試劑盒,Rubicon
性能
免除文庫定量：
流式分選所得unsynchronized H929細胞擴增后，以恒定體積pooling，并且加載到MiSeq v3流通池上。由于PicoPLEX DNA-seq反應產(chǎn)生高度可重復的產(chǎn)物，所以pooling之前無需對文庫進行定量。圖中空白柱子部位表示該孔不含細胞。
PicoPLEX DNA-seq試劑盒提供的染色體非整倍體檢測與arrays（陣列）分析*：通過使用相同的單胚胎細胞文庫進行陣列和NGS檢測，PicoPLEX DNA-seq試劑盒與24sure™陣列（Illumina）等效。文庫以48個兼容的條形碼pooling，并在2x100 MiSeq v2 PE中進行測序。
測序結果與陣列結果*，測序顯示2p（如圖）的末端增益和12q末端丟失（數(shù)據(jù)未顯示），這與通過高分辨率FISH分析確認的親本DNA中未檢測到的易位*。（數(shù)據(jù)由GIVF提供）。
PicoPLEX DNA-Seq Kit引用文獻
• New protocol based on massive parallel sequencing for aneuploidy screening of preimplantation human embryos
• Vendrell et al. 2017 Systems Biology in Reproductive Medicine, DOI: 10.1080/19396368.2017.1312633
• Construction of thousands of single cell genome sequencing libraries using combinatorial indexing
• Vitak et al. bioRxiv Jul. 23, 2016; doi: http://dx.doi.org/10.1101/065482.
• A linkage map for the Newt Notophthalmus viridescens: Insights in vertebrate genome and chromosome evolution
• Keinath et al. 2014 Developmental Biology
ThruPLEX系列產(chǎn)品
試劑盒 | 應用 | 特點 | 樣本 |
ThruPLEX® DNA-seq Kit | 通用DNA擴增試劑盒。應用范圍廣。文獻常見應用：ChIP-Seq。 | 有多種illumina index選擇。 | 50pg-50ng gDNA、cDNA、FFPE DNA、ChIP DNA |
ThruPLEX® Plasma-seq | 循環(huán)腫瘤細胞或其他疾病*檢測，母體血漿中胎兒游離DNA分析 | 優(yōu)化用于血漿游離DNA（短又變性的DNA片段）。
| 血漿、尿液、液體活檢1ng-30ng cfDNA |
ThruPLEX®Tag-seq Kit | 腫瘤或其他疾病中稀有變異等位基因檢測。 | 莖環(huán)形接頭包含了分子標簽連接DNA片段兩端。
| 1ng-50ng gDNA、cfDNA、FFPE DNA |
Rubicon公司成立于2000年，總部位于美國密歇根州。產(chǎn)品都擁有技術，檢控嚴格，擁有cGMP級生產(chǎn)能力，有多個OEM合作伙伴，是單細胞測序文庫構建的。2017年1月，Rubicon 成為Takara的一員，并且發(fā)展良好。
Rubicon 試劑訂購信息
品牌 | 貨號 | 新貨號 | 產(chǎn)品描述 | 包裝 |
Rubicon | RB4406 | R400406 | ThruPLEX DNA-seq 48D Kit ThruPLEX通用文庫構建試劑盒 | 48Rxns |
Rubicon | RB4407 | R400407 | ThruPLEX DNA-seq 96D Kit ThruPLEX通用文庫構建試劑盒 | 96Rxns |
Rubicon | RB4427 | R400427 | ThruPLEX DNA-seq 48S Kit ThruPLEX通用文庫構建試劑盒 | 48Rxns |
Rubicon | RB4428 | R400428 | ThruPLEX DNA-seq 12S (48)Kit ThruPLEX通用文庫構建試劑盒 | 48Rxns |
Rubicon | RB4523 | R400523 | ThruPLEX DNA-seq 6S (12 )Kit ThruPLEX通用文庫構建試劑盒 | 12Rxns |
Rubicon | RB4490 | R400490 | ThruPLEX Plasma-seq 12S Kit ThruPLEX血漿測序試劑盒 | 12Rxns |
Rubicon | RB4491 | R400491 | ThruPLEX Plasma-seq 48S Kit ThruPLEX血漿測序試劑盒 | 48Rxns |
Rubicon | RB4492 | R400492 | ThruPLEX Plasma-seq 96D Kit ThruPLEX血漿測序試劑盒 | 96Rxns |
Rubicon | RB4584 | R400584 | ThruPLEX Tag-seq 6S（12）Kit | 12Rxns |
Rubicon | RB4585 | R400585 | SMARTer® ThruPLEX® Tag-seq 48S Kit | 48Rxns |
Rubicon | RB4586 | R400586 | SMARTer® ThruPLEX® Tag-seq 96D Kit | 96Rxns |
Rubicon | RB3050 | R30050 | PicoPLEX WGA Kit，array CGH、PCR分析用 | 50Rxns |
Rubicon | RB3381 | R300381 | PicoPLEX DNA-seq Kit，48種雙端illumina indexes | 48Rxns |
循環(huán)腫瘤細胞CNV文庫構建試劑盒,Rubicon 及更多Rubicon文庫構建試劑盒
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