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            北京締一生物科技有限公司

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            qPCR快檢水中的微生物,第yi步是提DNA

            閱讀:1278      發(fā)布時間:2020-12-7
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            現(xiàn)在檢水多采用微生物培養(yǎng)法,常見所檢的細(xì)菌有軍團(tuán)菌、大腸埃希菌和銅綠假單胞菌?,F(xiàn)在,qPCR方法更多的可用于水質(zhì)檢測以及上述微生物的定量檢測。

            可以采用德國MB公司的水中微生物DNA提取試劑盒(英文名:AquaScreen® Fast Extract)用于從水樣中提取微生物DNA。該試劑盒遵循ISO/TS 12869:2012的設(shè)計要求。提取的DNA可用于下游的PCR或qPCR檢測。

             

            一、適合的樣本:

            包括飲用水、浴池水、泳池水及廢水等。

            二、工作原理:

            該試劑盒采用0.4μm濾膜截獲微生物,然后微生物被加入到濾膜上的離子活性劑和促溶劑裂解。隨后進(jìn)行DNA抽提。

            DNA抽提由四步組成:1. 菌體裂解

            2. DNA與離心柱的特異結(jié)合

            3. 祛除殘留污染物和抑制劑

            4. DNA的洗脫

            整個過程大約30分鐘。

            三、產(chǎn)品組成:

             

            四、需用戶自己準(zhǔn)備的試劑耗材和儀器:

            1. 水過濾設(shè)備(濾器、真空泵等)

            2. 無水乙醇

            3. 反應(yīng)管(1.5ml或2ml)

            4. 離心機(jī)

            5. 恒溫儀

            6. 移液器及帶濾芯吸頭(100ml和1000ml)

            7. 恒溫箱

            五、樣本制備須知:

            1. 飲用水、浴池水、泳池水及廢水可作為樣本。樣本性狀會影響結(jié)果的可靠性,并需要與ISO的水樣采集指南一致(ISO Norm 5667-1至5667-10)。

            2. 水樣應(yīng)在2-8°C保存,在采集的2天內(nèi)檢測。不推薦使用防腐劑,因為會使菌體裂解,而濾膜只能截留完整的菌體。

            3. 若水樣中有懸浮顆?;蚬潭〒]發(fā)性成分,則需先用濾紙過濾。

            4. 樣本不能離心。

            5. 該試劑盒所需樣本體積建議為1000ml。樣本體積少應(yīng)為100ml。

            6. 該試劑盒不會截獲水中游離的DNA。

            7. 該試劑盒不能區(qū)分“活的可培養(yǎng)微生物”與“活的不可培養(yǎng)微生物”。

            六、操作注意事項:

            1. 該試劑盒只用于科研,并且應(yīng)僅由經(jīng)過培訓(xùn)的實(shí)驗室人員使用。
            2. 所有樣本應(yīng)視為有潛在危害性,應(yīng)小心處理。
            3. 應(yīng)始終穿上合適的防護(hù)fu,戴一次性手套和護(hù)目鏡。
            4. 請勿向廢棄液體中加漂白劑或酸性溶液。如有液體濺出,請用合適的去污劑和清水處理。
            5. 廢棄物可根據(jù)當(dāng)?shù)胤ㄒ?guī)進(jìn)行處理。
            6. Binding Buffer(結(jié)合液)含異丙醇和聚乙二醇辛基苯酚醚,易燃、有害、有腐蝕性。
            7. Wash Buffer 1(洗液1)含硫氰酸胍,有害、有腐蝕性。

            七、樣本制備步驟:

            (一)操作步驟概覽

             

            (二)操作步驟詳解

            步驟1. 樣本過濾

            1.1 從試劑盒中小心取出濾膜。用水樣潤濕濾膜。

            1.2 將濾膜放置在濾器中,并過濾必要體積的水樣。

            步驟2. 菌體裂解

            * 提前準(zhǔn)備:預(yù)先將恒溫儀設(shè)置到70℃,將恒溫箱設(shè)置到37℃。

            2.1將樣本過濾后的濾膜翻轉(zhuǎn)放置到試劑盒提供的Incubation Dish(平皿)中。

            2.2 吸取2ml lysis buffer(裂解液),并加到濾膜上。

            2.3 將濾膜浸泡在裂解液中,小心搖勻平皿并在37°C孵育30分鐘。

            2.4 用平皿中的裂解液沖洗濾膜,并搖晃平皿10秒鐘。

            2.5 將平皿中的400 μl裂解液轉(zhuǎn)移至Incubation Tube(孵育管),70 °C孵育10分鐘。

            2.5a可選項:剩余裂解液可再取400μl用于DNA抽提,以獲得更多的DNA樣本。

            2.6 樣本短暫離心,并加入400 μl Binding Buffer(結(jié)合液),立即渦旋充分混勻,以防止DNA沉淀。請勿離心樣本,并立即進(jìn)行下一步。

            步驟3. DNA提取

            * 提前準(zhǔn)備:(1)Wash Buffer 1(洗液1)和Wash Buffer 2(洗液2)第yi次使用前,用無水乙醇復(fù)溶(請參見瓶上標(biāo)簽)

            (2)將恒溫儀設(shè)置到70℃,并將Elution Buffer(洗脫液)放在上面預(yù)熱。

            3.1 將步驟2.6中的混合液(~800 μl)轉(zhuǎn)移到Collection Tube(收集管)內(nèi)的Spin Column(離心柱)中,小心液體不要沾到離心柱的邊緣。

            3.2 離心柱離心≥10000 × g,1分鐘。棄掉收集管中的液體。重新將離心柱插到原有的收集管中。

            3.2a 可選擇:在步驟2.5a中,多取的一份樣本重復(fù)以上操作,不用換離心柱。

            3.3 離心柱中加入500μl洗液1。離心≥10000×g,1分鐘。棄掉收集管中的液體。重新將離心柱插到原有的收集管中。

            3.4 離心柱中加入500μl洗液2。離心≥10000×g,1分鐘。棄掉收集管中的液體。將離心柱插到一個新的收集管中。

            3.5大速度離心3分鐘,以去除殘留的洗液2。

            3.6棄掉收集管。將離心柱插入到試劑盒提供的Sample Storage Tube(樣本保存管)中。

            3.7吸取60μl已70℃預(yù)熱的洗脫液,直接加到離心柱的硅膠膜上。硅膠膜表面應(yīng)全部覆蓋洗脫液。

            3.8室溫靜置2分鐘,然后離心8000×g,2分鐘,以洗脫DNA。

            3.9樣本保存管中的洗脫液即包含DNA,可直接用于PCR,或儲存在2~8℃,可存放1周。長期儲存是在≤-18℃。

            八、樣本中的細(xì)菌數(shù)量計算

            樣本中的細(xì)菌定量需使用PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品和qPCR檢測試劑盒(推薦使用德國MB的PCR定量標(biāo)準(zhǔn)品和AquaScreen®qPCR檢測試劑盒,詳見“九、水中細(xì)菌精zhun測定,還需要的相關(guān)試劑”)

            計算公式:基因組拷貝數(shù)/反應(yīng) × 比例因子× 校正因子× (1000/樣本體積(ml))

            = 微生物數(shù)量/升

            注:

            1. 樣本中的基因組拷貝數(shù):可通過標(biāo)準(zhǔn)曲線定量

            2. 比例因子:取1份400ml裂解液,比例因子=5

            取2份400ml裂解液,比例因子=2.5

            取3份400ml裂解液,比例因子=1.67

            3. 校正因子:60ml洗脫液中取10ml用于qPCR反應(yīng),校正因子=6

            九、水中細(xì)菌精zhun測定,還需要的相關(guān)試劑:

             

             

            總之,傳統(tǒng)水質(zhì)檢查需要2-3天,qPCR法只需要2-3個小時,提取DNA只需要大約半個小時,更精zhun,更快捷。以上信息供參考,感謝締一生物提供相關(guān)內(nèi)容。

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