核酸相關(guān)研究需要對環(huán)境中的核酸污染進行控制，以確保實驗結(jié)果的穩(wěn)定和實驗數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確。德國MB公司的核酸污染祛除試劑——PCR Clean，即用型核酸污染清除試劑，高效清除DNA、RNA及核酸酶的干擾。
染色質(zhì)去濃縮，以及與隨后的轉(zhuǎn)錄機制結(jié)合的時空動力學(xué)，在癌癥的發(fā)病轉(zhuǎn)變(如起始、進展和轉(zhuǎn)移)中具有重要但尚未了解的作用。
表觀遺傳調(diào)控影響基因表達、譜系測定、細(xì)胞-細(xì)胞相互作用和治療耐藥性。與體細(xì)胞突變等遺傳驅(qū)動因素相比，表觀遺傳驅(qū)動因素的定義不太明確。然而，它們可能通過富集類型的分析來識別，類似于發(fā)現(xiàn)驅(qū)動基因的方式。了解它們與遺傳和環(huán)境因素的相互作用也至關(guān)重要。最近證實了KRAS突變和胰腺上皮組織損傷之間的相互作用，這種相互作用重塑了染色質(zhì)，產(chǎn)生了有利于癌癥的轉(zhuǎn)錄活性。
科研人員認(rèn)為表觀遺傳驅(qū)動因素是與癌癥發(fā)生、進展和轉(zhuǎn)移相關(guān)的調(diào)控元件或轉(zhuǎn)錄因子(tf)的活性，通常通過與遺傳驅(qū)動因素的相互作用。有可能這種表觀遺傳驅(qū)動可以解釋以前未知的致瘤機制。
轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測序(ATAC-seq)是一種快速、靈敏的表觀基因組分析方法。先前的研究已經(jīng)獲得了一些癌癥的ATAC-seq結(jié)果，其總體水平是腫瘤內(nèi)不同細(xì)胞類型的平均值。
最近單核ATAC-seq (snATAC-seq)的發(fā)展為檢查單細(xì)胞表觀基因組提供了更大的分辨率。將snATAC-seq與單核RNA測序(snRNA-seq)結(jié)合，可以同時分析同一細(xì)胞的表觀基因組和轉(zhuǎn)錄組，從而直接分析染色質(zhì)可及性和基因轉(zhuǎn)錄之間的關(guān)系。我們構(gòu)建了從200多例患者中獲得的11種主要癌癥類型的綜合多基因組圖譜。大量的樣本和相當(dāng)多的癌癥類型和狀態(tài)(例如，正常、原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性)的代表性為研究癌癥的表觀遺傳驅(qū)動因素提供了良好的動力隊列。
科研人員提供了譜系特異性和癌癥特異性細(xì)胞群的統(tǒng)一圖譜，差異可及的增強子和啟動子，表觀遺傳調(diào)節(jié)的癌癥相關(guān)基因和在主要癌癥轉(zhuǎn)變中重要的tf。盡管其中一些驅(qū)動因素和轉(zhuǎn)錄程序與多種癌癥類型的轉(zhuǎn)變有關(guān)，但其他一些則表現(xiàn)出高度的癌癥類型特異性。
研究發(fā)現(xiàn)，在相同的途徑中，表觀遺傳變化和基因突變之間的相關(guān)性在各種癌癥類型中都存在，這表明在癌癥過渡程序中存在許多合作的實例。這項研究強調(diào)了tf作為預(yù)后標(biāo)志物的潛力，提供了對驅(qū)動癌癥進化的分子基礎(chǔ)的更深入的理解。
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