全稱(chēng)Single Nucleotide Polymorphisms，是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異，包括轉(zhuǎn)換、顛換、缺失和插入，形成的遺傳標(biāo)記，其數(shù)量很多，多態(tài)性豐富。從理論上來(lái)看每一個(gè)SNP 位點(diǎn)都可以有4 種不同的變異形式,但實(shí)際上發(fā)生的只有兩種，即轉(zhuǎn)換和顛換,二者之比為2:1。SNP 在CG序列上出現(xiàn)為頻繁，而且多是C轉(zhuǎn)換為T(mén) ,原因是CG中的胞嘧啶常被甲基化,而后自發(fā)地脫氨成為胸腺嘧啶。

一般而言,SNP 是指變異頻率大于1 %的單核苷酸變異。在人類(lèi)基因組中大概每1000 個(gè)堿基就有一個(gè)SNP ,人類(lèi)基因組上的SNP 總量大概是3 ×10^6 個(gè) 。因此,SNP成為第三代遺傳標(biāo)志,人體許多表型差異、對(duì)藥物或疾病的易感性等等都可能與SNP有關(guān)。

遺傳疾病診斷、致病候選基因研究、藥物篩選研究、分子標(biāo)記輔助育種、群體遺傳研究等領(lǐng)域都會(huì)涉及到SNP分型分析。

SNP基因分型的常見(jiàn)方法有：

Taqman 探針?lè)?、SNaPshot法、飛行時(shí)間質(zhì)譜（MALDI-TOF MS）分型、HRM（高分辨率熔解曲線）分型等技術(shù)平臺(tái)。其中，基于時(shí)間飛行質(zhì)譜（MALDI-TOF）完成的SNP檢測(cè)準(zhǔn)確率可達(dá)99.9%，除了準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大、檢測(cè)周期短等優(yōu)勢(shì)外，有吸引力的應(yīng)該還是它的性?xún)r(jià)比。飛行時(shí)間質(zhì)譜平臺(tái)（MALDI-TOF）是通用的基因單核苷酸多態(tài)性（SNP）的研究平臺(tái)，該方法憑借其科學(xué)性和準(zhǔn)確性已經(jīng)成為該領(lǐng)域的新標(biāo)準(zhǔn)。

為此，我們推薦使用Solis BioDyne，增強(qiáng)摻入非常規(guī)核苷酸效率的TERMIPol ® DNA聚合酶，適合用于MALDI-TOF質(zhì)譜法和其他引物延伸平臺(tái)：

       * 如上TERMIPol DNA聚合酶產(chǎn)品均已通過(guò)了Bruker與 Agena BioScience平臺(tái)的驗(yàn)證

以Agena 平臺(tái)為例：《MassARRA系統(tǒng)》

原理：首先通過(guò)PCR擴(kuò)增出含有SNP位點(diǎn)的一段DNA（SNP位點(diǎn)前后各50bp左右），然后用SAP酶去除掉PCR 體系中剩余的脫氧核糖核苷三磷酸（dNTP）和引物，然后加入一單堿基延伸引物，其3’末端堿基緊挨SNP位點(diǎn)，采用四種ddNTP替代dNTP。這樣，探針在SNP位點(diǎn)處僅延伸一個(gè)堿基，連接上的ddNTP與SNP位點(diǎn)的等位基因?qū)?yīng)。用基質(zhì)輔助激光解析電離飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS) 檢測(cè)延伸產(chǎn)物與未延伸引物間的分子量差異，確定該點(diǎn)處堿基。

實(shí)驗(yàn)流程如下：

1.PCR擴(kuò)增含有目的SNP 的DNA序列，并通過(guò)純化去除未結(jié)合的dNTPs

2.iPLEX單堿基延伸：純化后的PCR產(chǎn)物，針對(duì)每個(gè)靶點(diǎn)SNP設(shè)計(jì)一條延伸引物，在以ddNTPs為底物的體系中進(jìn)行單堿基延伸，每個(gè)SNP的等位基因延伸產(chǎn)物僅為末端一個(gè)堿基的差異。

3.純化，并將產(chǎn)物轉(zhuǎn)移到SpectroCHIP芯片上，進(jìn)行質(zhì)譜檢測(cè)，同一個(gè)SNP的等位基因由于分子量不同，形成不同的檢測(cè)峰而被區(qū)分。  

Solis BioDyne的TERMIPol® DNA Polymerase將會(huì)用于上圖中的單核苷酸延伸中

已發(fā)表文章：  

【1】Bormann, Felix Georg et al. “Epigenetic regulation of Amphiregulin and Epiregulin in colorectal cancer.” International journal of cancer 144 3 (2019): 569-581 .

【2】Wilcke, Arndt et al. “The role of gene DCDC2 in German dyslexics.” Annals of dyslexia59 1 (2009): 1-11 .

【3】Ikryannikova, L N et al. “A MALDI TOF MS-based minisequencing method for rapid detection of TEM-type extended-spectrum beta-lactamases in clinical strains of Enterobacteriaceae.” Journal of microbiological methods 75 3 (2008): 385-91 . 【4】Sauer, Sascha et al. “Single-nucleotide polymorphisms: analysis by mass spectrometry.” Nature Protocols 1 (2006): 1761-1771.

 除了上述的的分子診斷神器，Solis BioDyne為客戶(hù)提供終點(diǎn)PCR（end-point PCR），qPCR（real-time PCR），反轉(zhuǎn)錄PCR（Reverse transcription），以及其它PCR所需的配套試劑。產(chǎn)品線縱覽圖如下：  

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