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            技術(shù)文章

            針對?PCR擴(kuò)增無目的條帶現(xiàn)象分析

            閱讀:740          發(fā)布時間:2023-10-23

                  聚合酶鏈反應(yīng)(PCR)技術(shù)是在體外進(jìn)行的由引物介導(dǎo)的酶促DNA擴(kuò)增反應(yīng)。PCR反應(yīng)的關(guān)鍵環(huán)節(jié):①模板核酸的制備;②引物的質(zhì)量與特異性;③酶的質(zhì)量;④PCR條件。尋找原因亦應(yīng)針對上述環(huán)節(jié)進(jìn)行分析檢測。

            1、 模板

            a.模板質(zhì)量不佳,含有雜蛋白質(zhì),特別是染色體中的組蛋白;模板核酸變性不夠;提取制備模板時丟失過多,或吸入酚。建議選擇質(zhì)量可靠的提取試劑,重新提取高純度基因組模板;若模板為cDNA,需要檢查逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)及其所用RNA的純度及完整度。

            b.模板中含有尿嘧啶抑制高保真酶的活性,或含有Taq酶抑制劑。

            c.模板濃度過高,或含有一些buffer,抑制PCR擴(kuò)增,如cDNA模板,建議稀釋后再使用。

            d.靶序列變異。如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,導(dǎo)致PCR不能有效擴(kuò)增。

            2、引物:引物的設(shè)計、引物質(zhì)量是PCR擴(kuò)增成敗的關(guān)鍵。

            a.引物設(shè)計不合理,如引物長度不夠、引物之間形成二聚體等,需要重新設(shè)計引物。

            b.合成高質(zhì)量、高純度級別的引物。

            c.引物應(yīng)高濃度小量分裝保存,防止多次凍融或長期4℃保存,導(dǎo)致引物降解失效。

            3、  酶的質(zhì)量:

            a.酶失活,建議更換新酶,或新舊兩種酶同時使用,以分析是否因酶的活性喪失或活性降低而導(dǎo)致沒有產(chǎn)物。

            b.酶擴(kuò)增效率低,建議更換擴(kuò)增效率高的酶。

            4、 PCR條件:

            a.PCR擴(kuò)增條件:變性對PCR擴(kuò)增相當(dāng)重要,如變性溫度低、變性時間短都有可能出現(xiàn)擴(kuò)增無產(chǎn)物;退火溫度過低,可導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增而降低特異性擴(kuò)增效率;退火溫度過高影響引物與模板的結(jié)合而降低PCR擴(kuò)增效率。

            b.Mg2+濃度:Mg2+濃度對PCR擴(kuò)增效率影響很大,濃度過高會降低PCR擴(kuò)增的特異性,濃度過低則影響PCR擴(kuò)增產(chǎn)量甚至使PCR擴(kuò)增失敗。

            c.反應(yīng)體系:反應(yīng)體系配制錯誤,建議重復(fù)實(shí)驗(yàn)。通常進(jìn)行PCR預(yù)實(shí)驗(yàn)采用的是小體系,正式實(shí)驗(yàn)如需擴(kuò)大體系時,一定要重新摸索條件,否則容易出現(xiàn)擴(kuò)增效果不理想或者失敗。




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