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            技術(shù)文章

            PCR反應(yīng)假陰性結(jié)果分析研究

            閱讀:205          發(fā)布時(shí)間:2023-3-13

            假陰性,不出現(xiàn)擴(kuò)增條帶
            PCR反應(yīng)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)有①模板核酸的制備,②引物的質(zhì)量與特異性,③酶的質(zhì)量, ④PCR循環(huán)條件。尋找原因亦應(yīng)針對(duì)上述環(huán)節(jié)進(jìn)行分析研究。
            一、模板:

            ①模板中含有雜蛋白質(zhì),

            ②模板中含有Taq酶抑制劑,

            ③模板中蛋白質(zhì)沒有消化除凈,特別是染色體中的組蛋白,

            ④在提取制備模板時(shí)丟失過多,或吸入酚。

            ⑤模板核酸變性不徹di。在酶和引物質(zhì)量好時(shí),不出現(xiàn)擴(kuò)增帶,極有可能是標(biāo)本的消化處理,模板核酸提取過程出了毛病,因而要配制有效而穩(wěn)定的消化處理液,其程序亦應(yīng)固定不宜隨意更改。
            酶失活:需更換新酶,或新舊兩種酶同時(shí)使用,以分析是否因?yàn)槊傅幕钚詥适Щ虿粔蚨鴮?dǎo)致假陰性。需注意的是有時(shí)PCR時(shí)忘了加Taq酶或電泳時(shí)忘了加溴化乙錠。
            二、引物:

            引物質(zhì)量、引物的濃度、兩條引物的濃度是否對(duì)稱,是PCR失敗或擴(kuò)增條帶不理想、容易彌散的常見原因。有些批號(hào)的引物合成質(zhì)量有問題,兩條引物一條濃度高,一條濃度低,造成低效率的不對(duì)稱擴(kuò)增,對(duì)策為:

            ①選定一個(gè)好的引物合成單位。

            ②引物的濃度不僅要看OD值,更要注重引物原液做瓊脂糖凝膠電泳,一定要有引物條帶出現(xiàn),而且兩引物帶的亮度應(yīng)大體一致,如一條引物有條帶,一條引物無條帶,此時(shí)做PCR有可能失敗,應(yīng)和引物合成單位協(xié)商解決。如一條引物亮度高,一條亮度低,在稀釋引物時(shí)要平衡其濃度。

            ③引物使用過程中應(yīng)高濃度小量分裝保存,防止多次凍融或長期放冰箱冷藏部分,導(dǎo)致引物變質(zhì)降解失效。

            ④引物設(shè)計(jì)不合理,如引物長度不夠,引物之間形成二聚體等。
            Mg2+濃度:Mg2+離子濃度對(duì)PCR擴(kuò)增效率影響很大,濃度過高可降低PCR擴(kuò)增的特異性,濃度過低則影響PCR擴(kuò)增產(chǎn)量甚至使PCR擴(kuò)增失敗而不出擴(kuò)增條帶。
            三、反應(yīng)體積的改變:

            通常進(jìn)行PCR擴(kuò)增采用的體積為20μl、30μl、50μl或100μl,應(yīng)用多大體積進(jìn)行PCR擴(kuò)增,是根據(jù)科研和臨床檢測(cè)不同目的而設(shè)定,在做小體積如20μl后,再做大體積時(shí),一定要重新摸索條件,否則容易失敗。
            四、物理原因:

            溫度對(duì)PCR擴(kuò)增來說相當(dāng)重要。如果變性溫度低,變性時(shí)間短,極有可能出現(xiàn)假陰性;退火溫度過低,可導(dǎo)致非特異性擴(kuò)增而降低特異性擴(kuò)增效率;退火溫度過高,影響引物與模板的結(jié)合而降低PCR擴(kuò)增效率。有時(shí)還有必要用標(biāo)準(zhǔn)的溫度計(jì),檢測(cè)一下PCR儀或水浴鍋內(nèi)的變性、退火和延伸溫度,這也是PCR失敗的原因之一。

            五、靶序列變異:

            如靶序列發(fā)生突變或缺失,影響引物與模板特異性結(jié)合,或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補(bǔ)序列,其PCR擴(kuò)增是不會(huì)成功的。

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