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            PCR反應(yīng)條件及循環(huán)闡述

            閱讀:265          發(fā)布時(shí)間:2024-12-9

                    PCR反應(yīng)在生物體外大量擴(kuò)增特定DNA片段的分子生物學(xué)技術(shù),其特點(diǎn)是可以以微量的DNA為模板,快速擴(kuò)增得到大量拷貝。

            一、PCR反應(yīng)條件的控制:

            1.  PCR反應(yīng)的緩沖液提供合適的酸堿度與某些離子 。 

            2.  鎂離子濃度 總量應(yīng)比dNTPs的濃度高,常用1.5 mmol/L。
              
            3.  底物濃度dNTP以等摩爾濃度配制,20~200 umol/L。
             
            4.  TaqDNA聚合酶2.5U(100 ul)。
              
            5.  引物 濃度一般為0.1 ~0.5 umol/L。
             
            6.  反應(yīng)溫度
            (1)變性溫度和時(shí)間95℃,30 s。
            (2)退火溫度和時(shí)間 低于引物Tm值5 ℃左右,一般在45~55℃。
            (3)延伸溫度和時(shí)間72℃,1 min/kb(10 kb內(nèi))。
            (4)Tm值=4(G+C) +2(A+T)
            7.  循環(huán)次數(shù) :一般為25 ~30次。循環(huán)數(shù)決定PCR擴(kuò)增的產(chǎn)量。模板初始濃度低,可增加循環(huán)數(shù)以便達(dá)到有效的 擴(kuò)增量。但循環(huán)數(shù)并不是可以無(wú)限增加的。一般循環(huán)數(shù)為30個(gè)左右,循環(huán)數(shù)超過(guò)30個(gè)以后,DNA聚合酶活性逐漸達(dá)到飽和,產(chǎn)物的量不再隨循環(huán)數(shù)的增加而增加,出現(xiàn)了所謂的“平臺(tái)期"。

            二、PCR的循環(huán)參數(shù):
             
            1.  預(yù)變性(Initial denaturation)

            模板DNA全變性與PCR酶的全激活對(duì)PCR能否成功至關(guān)重要,建議加熱時(shí)間參考試劑說(shuō)明書(shū),一般未修飾的Taq酶激活時(shí)間為兩分鐘。

            2.  循環(huán)中的變性步驟

            循環(huán)中一般95℃,30秒足以使各種靶DNA序列全變性,可能的情況下可 縮短該步驟時(shí)間,變性時(shí)間過(guò)長(zhǎng)損害酶活性,過(guò)短靶序列變性不全,易造成擴(kuò)增失敗。

            3.  引物退火(Primer annealing)

            退火溫度需要從多方面去決定,一般根據(jù)引物的Tm值為參考,根據(jù)擴(kuò)增的長(zhǎng)度適當(dāng)下調(diào)作為退火溫度。然后在此次實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)上做出預(yù)估。

            退火溫度對(duì)PCR的特異性有較大影響。

            4.  引物延伸

            引物延伸一般在72℃進(jìn)行(Taq酶最適溫度)。但在擴(kuò)增長(zhǎng)度較短且退火溫度較高時(shí),本步驟可省略

            延伸時(shí)間隨擴(kuò)增片段長(zhǎng)短而定,一般推薦在1000 bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生設(shè)定為1 min/kbp。

            5.  循環(huán)數(shù)

            大多數(shù)PCR含25-40循環(huán),過(guò)多易產(chǎn)生非特異擴(kuò)增。

            6.  最后延伸

            在最后一個(gè)循環(huán)后,反應(yīng)在72℃維持5-15分鐘.使引物延伸全,并使單鏈產(chǎn)物退火成雙鏈。

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