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蛋白質(zhì)的定量分析主要依靠蛋白質(zhì)本身的發(fā)色基團(tuán)，或與其它顯色劑反應(yīng)產(chǎn)生的紫外吸收來進(jìn)行的。目前常用的蛋白質(zhì)的定量主要有紫外線吸收法、Bradford法及BCA法等。
隨著質(zhì)譜技術(shù)的飛速發(fā)展，利用質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行蛋白質(zhì)（組）的定性和定量分析得到更為廣泛的應(yīng)用和研究。
1.蛋白質(zhì)定性分析：確定樣品中是否有蛋白質(zhì)存在，以及存在的是何種蛋白質(zhì)。
蛋白質(zhì)定性分析通常是指利用質(zhì)譜法進(jìn)行蛋白質(zhì)鑒定和序列分析。蛋白質(zhì)定性分析分為top-down分析和bottom-up分析兩種策略。目前，bottom-up分析策略被更廣泛的應(yīng)用于蛋白質(zhì)定性分析工作。
Bottom-Up（自底向上）和Top-Down（自頂向下）兩種策略“自底向上”策略是指通過分析由蛋白質(zhì)酶解生成的肽段來鑒定蛋白質(zhì)。“自頂向下”策略直接鑒定完整蛋白質(zhì)，在翻譯后修飾和蛋白質(zhì)同素異構(gòu)體鑒定方面有一些潛在的優(yōu)勢。可是該策略的缺陷是蛋白質(zhì)在氣相中分離、電離及碎裂都十分困難。而蛋白質(zhì)組學(xué)由于將蛋白質(zhì)酶解成肽段，使其在氣相中更容易被分離、電離和碎裂。
2.蛋白質(zhì)定量分析：確定樣品中總蛋白含量，或者某種單一蛋白成分的含量。
蛋白質(zhì)相對定量分析
相對定量的目的是測定目的蛋白在兩個或多個樣本中的表達(dá)量的相對比例，而不需要知道它們在每個樣本中的表達(dá)量。例如，如果研究項目中包括處理過的和未經(jīng)處理的對照樣本，通常可以將未經(jīng)處理的樣本做為對照組，經(jīng)處理的樣本的定量結(jié)果除以對照樣品的定量結(jié)果，就可以計算各個處理樣本的蛋白含量相對于對照組樣品的百分比。
蛋白質(zhì)絕對定量分析
目前基于質(zhì)譜的絕對定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究主要是指靶向蛋白質(zhì)組學(xué)。靶向蛋白質(zhì)組學(xué)分析，是指對目標(biāo)蛋白質(zhì)（或修飾肽段）進(jìn)行定性和/或定量分析，或者用于驗證大規(guī)模蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)果?；谫|(zhì)譜的靶向蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法，由于沒有物種限制并具備多目標(biāo)同時分析能力等優(yōu)勢，受到越來越多的關(guān)注和應(yīng)用。其技術(shù)方法經(jīng)歷了從傳統(tǒng)的SRM/MRM（選擇性/多反應(yīng)監(jiān)視，selected/multiple reaction monitoring）到PRM（平行反應(yīng)監(jiān)視，parallel reaction monitoring）的發(fā)展歷程。
絕對定量蛋白質(zhì)組學(xué)應(yīng)用方向：驗證定量蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果、驗證翻譯后修飾蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)果、目標(biāo)蛋白質(zhì)絕對/相對定量分析、診斷標(biāo)志物靶向篩選、診斷標(biāo)志物驗證與絕對定量、驗證基因表達(dá)產(chǎn)物。
