GC-MS氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀的主要操作都由計算機(jī)控制進(jìn)行，這些操作包括利用標(biāo)準(zhǔn)樣品(一般用FC-43)校準(zhǔn)質(zhì)譜儀，設(shè)置色譜和質(zhì)譜的工作條件，數(shù)據(jù)的收集和處理以及庫檢索等。這樣，一個混合物樣品進(jìn)入色譜儀后，在合適的色譜條件下，被分離成單一組成并逐一進(jìn)入質(zhì)譜儀，經(jīng)離子源電離得到具有樣品信息的離子，再經(jīng)分析器、檢測器即得每個化合物的質(zhì)譜。這些信息都由計算機(jī)儲存，根據(jù)需要，可以得到混合物的色譜圖、單一組分的質(zhì)譜圖和質(zhì)譜的檢索結(jié)果等。根據(jù)色譜圖還可以進(jìn)行定量分析。因此，GC-MS是有機(jī)物定性、定量分析的有力工具。

儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構(gòu)成兩級真空機(jī)組以確保所需的真空。被分析樣品經(jīng)毛細(xì)管柱分離，進(jìn)入離子源。采用電子電力標(biāo)準(zhǔn)配置(EI)，產(chǎn)生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統(tǒng)。四極桿在高頻電壓與正負(fù)電壓聯(lián)合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四極場運(yùn)動方程的離子才能通過四極桿對稱中心到達(dá)離子檢測器，再經(jīng)離子流放大器放大，產(chǎn)生質(zhì)譜信號。得到了質(zhì)譜圖，通過解釋譜圖或進(jìn)行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。

1、載氣體的使用

氣體純度必須達(dá)到99·999%，并使用專用鋼瓶灌裝，載氣純度不夠，或剩余的載氣量不夠時，會造成m/z28譜線豐度過大，根據(jù)所用載氣質(zhì)量，當(dāng)氣瓶的壓力降低到幾個MPa時，應(yīng)更換載氣，以防止瓶底殘余物對氣路的污染。

2、載氣凈化

一般載氣進(jìn)入色譜前都需經(jīng)過凈化，除去載氣中的殘留烴類化合物、氧、水等雜質(zhì)，以提高載氣的純度，延長色譜柱使用壽命，減少色譜柱固定相流失，而且很大程度地降低背景噪音，使基線更加穩(wěn)定。建議安裝一個高容量脫氧管和載氣凈化器或使用復(fù)合型載氣凈化管。凈化裝置應(yīng)及時更換，脫氧管使用時間過長，吸附的氧氣會隨著載氣進(jìn)人儀器，導(dǎo)致m/z32的譜線豐度過大。市售的脫氧管通常會用氮?dú)膺M(jìn)行飽和，安裝時，必須用氦氣將脫氧管內(nèi)和管線里的氮?dú)獯祾吒蓛?，再接至儀器上。

GC-MS氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用儀是在常壓下工作，而質(zhì)譜儀需要高真空，因此，如果色譜儀使用填充柱，必須經(jīng)過一種接口裝置一分子分離器，將色譜載氣去除，使樣品氣進(jìn)入質(zhì)譜儀。如果色譜儀使用毛細(xì)管柱，則可以將毛細(xì)管直接插入質(zhì)譜儀離子源，因為毛細(xì)管載氣流量比填充柱小得多，不會破壞質(zhì)譜儀真空。