BiteSizeBio列出了“清理 DNA 樣本的 5 種方法"。在某種程度上，這個(gè)總結(jié)是過(guò)時(shí)的并且具有誤導(dǎo)性。讓我們來(lái)看看它們是如何工作的。
苯酚-氯仿萃取以去除蛋白質(zhì)。將 DNA 溶液與苯酚和氯仿混合。水溶性 DNA 分配到水相中，而蛋白質(zhì)在有機(jī)溶劑存在下變性，從而留在有機(jī)相中。
乙醇沉淀脫鹽。在 DNA 提取中，鹽通過(guò)破壞將核酸固定在一起的蛋白質(zhì)鏈來(lái)釋放 DNA 鏈。由于 DNA 不溶于乙醇。在乙醇溶液中，鹽使 DNA 不易溶于水，同時(shí)有助于保持蛋白質(zhì)（有機(jī)小分子）溶解在水中。結(jié)果是，DNA 分子聚集并從溶液中沉淀出來(lái)。
基于硅膠柱，使用硅膠或硅膠珠和離液鹽。離液鹽會(huì)破壞鏈之間的氫鍵，促進(jìn) DNA 與二氧化硅的結(jié)合以及與樣品其余部分的分離。
陰離子交換使用帶正電荷的 DEAE 功能化樹(shù)脂結(jié)合帶負(fù)電荷的 DNA 磷酸主鏈。
磁珠使用磁珠以 pH 依賴性方式有條件地結(jié)合 DNA，讓您只需控制 pH 即可將 DNA 與樣品的其余部分分離。磁珠帶正電，在低 pH 條件下結(jié)合 DNA，但在高 pH 條件下，它們帶負(fù)電荷，從而釋放 DNA。
前兩個(gè)實(shí)際上是稱為有機(jī)提取的DNA 提取方法的一部分，該方法包括裂解步驟、苯酚氯仿提取、乙醇沉淀和洗滌步驟。
后 3 個(gè)用于 DNA 清理。所有步驟都包括結(jié)合、洗滌和洗脫步驟。其中基于磁珠的方法，因?yàn)椴恍枰x心和其他耗時(shí)的處理步驟。它是高通量處理自動(dòng)化的理想選擇。由于它是現(xiàn)在的主流方法，珠子的成本在過(guò)去十年中下降了一半。
圖 3. DNA 純化工作流程。
混合：將納米顆粒與 DNA 樣品混合。
結(jié)合：當(dāng)與樣品混合時(shí)，納米粒子與目標(biāo) DNA 樣品結(jié)合。
清洗：使用磁力（例如磁力分離架）來(lái)拉動(dòng)和聚集結(jié)合的材料。通過(guò)抽吸去除未結(jié)合的材料，剩下的是納米顆粒結(jié)合的目標(biāo)。
洗脫：從納米顆粒中釋放結(jié)合的目標(biāo)樣品。清潔后的 DNA 樣品即可用于下游應(yīng)用。
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