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合作構建小麥基因定位與基因組研究平臺
中國農業(yè)科學院作物科學研究所、四川農業(yè)大學、成都天成未來科技有限公司的研究人員合作構建了小麥基因定位與基因組研究平臺-WheatGmap，為高效克隆小麥功能基因提供了一個有效的數(shù)據(jù)利用、分析和共享平臺。11月30日，相關研究成果以WheatGmap: A Comprehensive Platform for Wheat Gene Mapping and Genomic Studies為題發(fā)表在Molecular Plant上。
集群分離分析（BSA）作為一種在分離群體中鑒定目標基因的方法，由于其高效、低成本的優(yōu)點被廣泛應用。然而，對于缺乏生物信息學背景的研究者來說，如何深度分析高通量測序獲得的數(shù)據(jù)、正確選擇算法、有效利用已公布的海量數(shù)據(jù)成為當前應用BSA方法進行小麥基因快速定位和候選基因篩選的限速步驟。研發(fā)一個界面友好、易操作的專業(yè)性數(shù)據(jù)處理平臺將對推動小麥研究有重要應用意義。
該平臺目前整合并分析了超過3500份六倍體小麥的高通量測序數(shù)據(jù)，包括全基因組測序 (WGS)，外顯子組測序 (WES) 和轉錄組測序 (RNA-seq) 數(shù)據(jù)。為了方便用戶利用這些資源，網(wǎng)站整合了SNP-index、 Euclidean distance (ED)、QTLseqr和varBScore四種BSA模型。此外，網(wǎng)站集成了序列比對、基因注釋、表達分析、富集分析等序列分析和基因功能研究常用的工具。研究人員以黃綠突變體ygl1基因的快速定位和克隆為例介紹了群體構建、數(shù)據(jù)在線分析、候選基因篩選等流程。WheatGmap為小麥研究者提供了一個界面友好、易操作的小麥基因定位與基因組研究平臺，該平臺整合了多種基于BSA定位的模型和大量的數(shù)據(jù)，可以幫助科研工作者利用BSA方法進行小麥基因定位、克隆與功能研究，也可以共享測序數(shù)據(jù)及表型數(shù)據(jù)。同時，隨著泛基因組時代的來臨，后續(xù)還會對平臺進行數(shù)據(jù)更新與升級，使其功能變得更強大。
中國農科院作科所張立超副研究員、董純豪博士以及四川農業(yè)大學/成都天成未來科技有限公司陳中旭博士為該論文的共同作者，四川農業(yè)大學王際睿研究員、中國農科院作科所劉旭院士和孔秀英研究員為該論文的共同通訊作者。該研究得到國家重點研發(fā)計劃、轉基因重大專項、中國農科院科技創(chuàng)新工程和國家自然科學基金支持。