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首頁 >> 技術(shù)文章 >> 電穿孔轉(zhuǎn)染細(xì)粒棘球絳蟲干擾 RNA 方法
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細(xì)粒棘球絳蟲的獲取與預(yù)處理
細(xì)粒棘球絳蟲原頭蚴或幼蟲樣本來源于感染細(xì)粒棘球絳蟲的動(dòng)物肝臟或其他寄生部位。在無菌條件下,將獲取的組織小心解剖,使用含有特定抗生素(如青霉素、鏈霉素)的生理緩沖液(如磷酸鹽緩沖液,PBS)反復(fù)沖洗,以去除雜質(zhì)和可能存在的細(xì)菌污染。然后,將蟲體置于含有適量營養(yǎng)成分(如葡萄糖、氨基酸等)的培養(yǎng)液中,在特定的溫度(如 37°C)和氣體環(huán)境(如 5% CO?)下培養(yǎng)一定時(shí)間,使蟲體處于適宜的生理狀態(tài),以便后續(xù)電穿孔轉(zhuǎn)染操作。培養(yǎng)過程中,定期觀察蟲體的活力和形態(tài)變化,通過臺(tái)盼藍(lán)拒染法等手段檢測(cè)蟲體的存活率,確保用于轉(zhuǎn)染的蟲體具有較高的活性。
干擾 RNA 的設(shè)計(jì)與合成
根據(jù)已確定的細(xì)粒棘球絳蟲靶基因序列,利用專業(yè)的 RNAi 設(shè)計(jì)軟件(如 siDirect 等)設(shè)計(jì)特異性的干擾 RNA 序列。設(shè)計(jì)原則包括選擇合適的靶位點(diǎn)(一般位于基因的編碼區(qū),避免在 5' 和 3' 非翻譯區(qū)以及內(nèi)含子區(qū)域)、確保序列的特異性(通過與基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì),避免與其他非靶基因序列有同源性)以及考慮干擾 RNA 的二級(jí)結(jié)構(gòu)(盡量減少自身形成復(fù)雜二級(jí)結(jié)構(gòu)的可能性)。設(shè)計(jì)完成后,委托專業(yè)的生物公司進(jìn)行化學(xué)合成。合成后的干擾 RNA 經(jīng)過高效液相色譜法(HPLC)純化,以去除雜質(zhì)和可能存在的短片段 RNA。通過紫外分光光度計(jì)測(cè)定其濃度和純度,將其溶解于無核酸酶的水或合適的緩沖液中,儲(chǔ)存于 - 80°C 備用。
電穿孔緩沖液的選擇與優(yōu)化
測(cè)試多種電穿孔緩沖液對(duì)細(xì)粒棘球絳蟲的適用性,如不同離子強(qiáng)度(如低滲、等滲、高滲)的磷酸鹽緩沖液、蔗糖緩沖液等。將蟲體分別置于不同的緩沖液中,在相同的電穿孔條件(如電壓、脈沖時(shí)間等暫設(shè)為固定值)下進(jìn)行預(yù)實(shí)驗(yàn)。通過觀察蟲體在電穿孔后的存活率(采用活 / 死細(xì)胞染色試劑盒檢測(cè))以及后續(xù)培養(yǎng)中的生長狀態(tài),評(píng)估不同緩沖液對(duì)蟲體的影響。選擇能夠在保證較高蟲體存活率的同時(shí),有利于干擾 RNA 進(jìn)入蟲體的緩沖液作為最終的電穿孔緩沖液,并進(jìn)一步對(duì)其成分(如添加某些輔助因子,如二甲基亞砜,DMSO,以增強(qiáng)細(xì)胞膜的通透性)和濃度進(jìn)行優(yōu)化。
電穿孔參數(shù)的確定與優(yōu)化
采用電穿孔儀進(jìn)行實(shí)驗(yàn),首先對(duì)電壓、脈沖時(shí)間、脈沖次數(shù)等電穿孔參數(shù)進(jìn)行初步篩選。設(shè)置不同的電壓梯度(如 100 - 500V)、脈沖時(shí)間范圍(如 1 - 10ms)和脈沖次數(shù)(如 1 - 5 次)組合,將含有特定濃度干擾 RNA 的蟲體懸液與電穿孔緩沖液混合后,加入電穿孔杯進(jìn)行電穿孔操作。電穿孔后,將蟲體轉(zhuǎn)移至新鮮的培養(yǎng)液中培養(yǎng)一定時(shí)間,然后通過實(shí)時(shí)定量 PCR(qRT - PCR)檢測(cè)靶基因的表達(dá)水平,以確定能夠?qū)崿F(xiàn)最高基因沉默效率的電穿孔參數(shù)組合。在優(yōu)化過程中,還需要考慮不同參數(shù)之間的相互作用,例如,較高的電壓可能需要較短的脈沖時(shí)間以減少對(duì)蟲體的損傷,通過多因素實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)(如正交實(shí)驗(yàn))來全面評(píng)估參數(shù)的最佳組合。
電穿孔轉(zhuǎn)染及后續(xù)檢測(cè)
將預(yù)處理后的細(xì)粒棘球絳蟲蟲體與適量的干擾 RNA(濃度根據(jù)預(yù)實(shí)驗(yàn)確定,一般在 10 - 100nM)混合于優(yōu)化后的電穿孔緩沖液中,轉(zhuǎn)移至電穿孔杯。按照優(yōu)化后的電穿孔參數(shù)進(jìn)行電穿孔操作。電穿孔完成后,立即將蟲體轉(zhuǎn)移至預(yù)熱的含有豐富營養(yǎng)成分和抗生素的培養(yǎng)液中,在適宜的培養(yǎng)條件下(如 37°C、5% CO?)培養(yǎng)。在不同的時(shí)間點(diǎn)(如 24 小時(shí)、48 小時(shí)、72 小時(shí)等)收集蟲體,提取總 RNA,采用 qRT - PCR 技術(shù)檢測(cè)靶基因的表達(dá)水平,以評(píng)估干擾 RNA 的基因沉默效果。同時(shí),通過觀察蟲體的形態(tài)變化(如蟲體大小、結(jié)構(gòu)完整性等)、運(yùn)動(dòng)能力以及對(duì)宿主細(xì)胞的侵襲能力等表型變化,進(jìn)一步驗(yàn)證基因沉默對(duì)蟲體生物學(xué)特性的影響。此外,還可以采用 Western blotting 技術(shù)檢測(cè)靶蛋白的表達(dá)水平,從蛋白水平驗(yàn)證干擾 RNA 的作用效果。
電穿孔緩沖液優(yōu)化結(jié)果
經(jīng)過對(duì)多種電穿孔緩沖液的測(cè)試和優(yōu)化,發(fā)現(xiàn)一種等滲的磷酸鹽緩沖液添加一定濃度(如 0.5%)的 DMSO 時(shí),蟲體在電穿孔后的存活率較高,可達(dá) 80% 以上,且在后續(xù)培養(yǎng)中生長狀態(tài)良好。與其他緩沖液相比,該緩沖液能夠顯著提高干擾 RNA 進(jìn)入蟲體的效率,通過熒光標(biāo)記的干擾 RNA 轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)觀察到,在該緩沖液中,蟲體內(nèi)的熒光強(qiáng)度明顯高于其他緩沖液組,表明其更有利于干擾 RNA 的導(dǎo)入。
電穿孔參數(shù)優(yōu)化結(jié)果
通過多因素實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)優(yōu)化電穿孔參數(shù),確定了電壓為 300V、脈沖時(shí)間為 5ms、脈沖次數(shù)為 3 次的組合能夠?qū)崿F(xiàn)最高的基因沉默效率。在該參數(shù)組合下,對(duì)靶基因進(jìn)行 qRT - PCR 檢測(cè),結(jié)果顯示與未轉(zhuǎn)染組相比,轉(zhuǎn)染后 48 小時(shí)靶基因的表達(dá)水平下降了約 80%。同時(shí),隨著時(shí)間的推移,基因沉默效果在 72 小時(shí)內(nèi)能夠維持相對(duì)穩(wěn)定,之后逐漸有所回升,但仍顯著低于未轉(zhuǎn)染組。
電穿孔轉(zhuǎn)染效果評(píng)估
對(duì)電穿孔轉(zhuǎn)染干擾 RNA 后的細(xì)粒棘球絳蟲進(jìn)行多方面檢測(cè),發(fā)現(xiàn)除了靶基因表達(dá)水平顯著下降外,蟲體在形態(tài)上出現(xiàn)了一些變化,如蟲體體積變小、內(nèi)部結(jié)構(gòu)略顯松散等。在運(yùn)動(dòng)能力方面,轉(zhuǎn)染后的蟲體運(yùn)動(dòng)速度明顯減慢,運(yùn)動(dòng)范圍也減小。對(duì)宿主細(xì)胞的侵襲能力檢測(cè)表明,轉(zhuǎn)染組蟲體的侵襲能力較未轉(zhuǎn)染組下降了約 60%。通過 Western blotting 檢測(cè)靶蛋白表達(dá)水平,結(jié)果與 qRT - PCR 檢測(cè)結(jié)果一致,進(jìn)一步證實(shí)了干擾 RNA 通過電穿孔轉(zhuǎn)染成功地沉默了靶基因,并對(duì)蟲體的生物學(xué)特性產(chǎn)生了顯著影響。
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