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液相色譜柱通常在選擇保護(hù)柱之前首先要考慮樣品是否清潔，對(duì)于大部分分析工作來(lái)說(shuō)，一支25px長(zhǎng)的保護(hù)柱便能夠提供充分的保護(hù)作用。但是，如果樣品較臟，或工作中發(fā)現(xiàn)經(jīng)常要更換25px的保護(hù)柱，那么就應(yīng)該選用50px或75px的保護(hù)柱。保護(hù)柱越長(zhǎng)自然所裝的色譜填料就越多，則其保護(hù)性能越好，當(dāng)然隨著保護(hù)柱長(zhǎng)度的增加，樣品的保留時(shí)間也相應(yīng)增加。一般來(lái)說(shuō)，保護(hù)柱的內(nèi)徑與分析色譜柱的內(nèi)徑相同或者相當(dāng)即可。
保護(hù)柱的填充方式也很重要，目前有薄膜裝填法，填裝過(guò)程簡(jiǎn)單方便，而且可以在實(shí)驗(yàn)室中進(jìn)行干裝。但是，其大的缺點(diǎn)是不經(jīng)濟(jì)，特別是針對(duì)中國(guó)的具體情況，一次性使用相對(duì)費(fèi)用較高。另外，薄膜裝填法的保護(hù)柱所裝填的色譜填料有限，只能提供很有限的保護(hù)作用；不過(guò)也因?yàn)樗b填的色譜填料較少，保護(hù)柱的長(zhǎng)度較短，所以對(duì)分析樣品的保留時(shí)間的影響也很小。
保護(hù)柱結(jié)構(gòu)其實(shí)就是縮短的分析柱，設(shè)計(jì)方式上有直接式/手緊式或整體式。整體式設(shè)計(jì)是由色譜柱的生產(chǎn)廠商直接安裝在分析柱上，必須與分析柱一同訂貨，可以非常方便的使用，但不能改動(dòng)。直接式結(jié)構(gòu)設(shè)計(jì)可以在任何時(shí)候由色譜工作者來(lái)安裝連接，可以與任何品牌的色譜柱連接使用，而且可以根據(jù)不同的樣品選擇合適的保護(hù)柱長(zhǎng)度。手緊式保護(hù)柱從結(jié)構(gòu)上講是與直連式保護(hù)柱醫(yī)藥，只是在連接時(shí)不用借助扳手等工具，直接用手上緊即可。另外從保護(hù)柱結(jié)構(gòu)的角度看，保護(hù)柱又分為是否可以更換保護(hù)柱的柱芯，現(xiàn)在大多數(shù)的保護(hù)柱均可以更換柱芯，可以降低保護(hù)柱的使用成本。
大多數(shù)色譜工作者是根據(jù)分析柱的填料來(lái)選擇保護(hù)柱的填料，正常情況下可以選擇與分析柱一樣的色譜填料。但是，根據(jù)實(shí)際的分析工作，可不必與分析色譜柱的填料*匹配。
選擇保護(hù)柱的原則是：在滿足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護(hù)柱，盡可能選擇對(duì)分離樣品保留弱的填料。
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