充分發(fā)揮GC/MS聯(lián)用技術(shù)的優(yōu)勢，分離是定性的關(guān)鍵。質(zhì)譜定性專一性好的前提是得到正確的質(zhì)譜譜圖。同一樣品，分離條件不同，可能鑒定出上百個成分，也可能只鑒定出幾十個成分。定性個能只依靠質(zhì)譜譜庫檢索。分離不好得到的質(zhì)譜圖不可靠，不僅檢索匹配率可信度低，對質(zhì)譜圖進行解析也有困難。色譜的保留時間以及與樣品相關(guān)的一系列信息都是定性的重要依據(jù)。實際上未知化合物鑒定有兩種不同的含義:一是待測樣品中已知結(jié)構(gòu)化合物的鑒定(目標化合物或可疑化合物);另一種是待測樣品中是否發(fā)現(xiàn)新的未知結(jié)構(gòu)化合物。后者是一個較大的分析課題，需要有其它輔助方法鑒定，終還需合成驗證。

      高難度的不確定的未知成分分析對每一個實驗室都是一種挑戰(zhàn)。如果不強調(diào)，可能會被忽略的因素是，任何實驗室都很少有*未知的東西。通常都會掌握一些與待分析樣品相關(guān)的知識，在解釋過程中所使用的技術(shù)常常要依賴它們。特別是對樣品的基本了解，以及各種化合物的特性。解釋過程需要歸納和演繹推理，從一般的或普遍的規(guī)律和假設(shè)概括總結(jié)出特殊的結(jié)論。例如，不知道自然界中元素的同位素比值，就不可能由同位素離子豐度比推導元素組成。從測得的數(shù)據(jù)和推導的特殊結(jié)論及必要的資料總結(jié)得到有效的結(jié)果。終根據(jù)分子量、元素組成和碎片離子等信息推出待測物的相應結(jié)構(gòu)。

       復雜成分的定量分析，采用簡單的峰面積歸一方法給出定量結(jié)果時，要非常小心!這種定量結(jié)果不是不能使用，例如，同一種中草藥，不同產(chǎn)地的樣晶中，同一成分的含量之間的差別，可以用這種定量方法說明問題。但是有人*忽略了不同類型化合物響應因子的差別，沒有前提條件也不作任何說明。樣品中不同成分的定性結(jié)果，已表明是性質(zhì)*不同的化合物，卻使用相對峰面積大小的定量數(shù)據(jù)，討論各成分含量的高低。