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            【基因編輯產(chǎn)品新品上市】MET Ex14 skipping新添成員

            來源:南京科佰生物科技有限公司   2023年02月15日 14:25  

            Background


             

            MET受體酪氨酸激酶是一種原癌基因,它的異常激活與腫瘤發(fā)生有關。各種潛在的機制,包括轉錄本中的改變、擴增、基因重排和外顯子跳躍,都是MET信號異常的原因。MET導致非小細胞肺癌(NSCLC)的關鍵改變之一是MET外顯子14( MET Ex 14)跳躍,這是一種驅動突變,約占肺腺癌的3-4%。MET Ex14跳躍導致功能活躍且穩(wěn)定的截短受體的形成,該受體缺乏負責MET泛素化的近膜調(diào)節(jié)域。至今為止全球已經(jīng)開發(fā)了幾種針對MET受體的MET激酶抑制劑,其中許多正在進行臨床試驗。




             

            MET的結構

            MET基因位于人類基因組的7q31號染色體上,跨越約125kbDNA,包含21個外顯子和20個內(nèi)含子。MET被編碼為前體,通過其a和b亞基之間的蛋白水解切割被修飾成成熟蛋白質。 成熟的MET蛋白由一個小的a亞基(50kDa)和一個較大的b  (145kDa)亞基組成,通過二硫鍵連接在一起。一個a亞基和b亞基的一部分共同構成異二聚體蛋白的胞外區(qū),而b亞基的其余部分構成跨膜區(qū)和胞內(nèi)區(qū)。

             

            MET的細胞外成分包含三個結構域。N端Sema(Sema-phorin)是最大的結構域,包含500個殘基,包含a和b亞基的一部分。該結構域對于MET的配體結合、二聚化和激活至關重要。Sema結構域之后是叢蛋白-信號蛋白-整合素(PSI)結構域,包含四個二硫鍵,這對于配體結合受體的正確定位至關重要。PSI結構域通過免疫球蛋白-叢蛋白-轉錄因子結構域連接到MET的跨膜螺旋。受體的細胞內(nèi)部分包括近膜(JM)結構域、酪氨酸激酶(TK)催化結構域和C末端多功能??课稽c。其配體肝細胞生長因子(HGF)(也稱為分散因子)的結合對于激活激酶活性至關重要。HGF是迄今為止已知的MET受體配體,并以高親和力與受體結合。

             

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            Fig1.MET蛋白的結構

             

            MET Ex14跳躍的機理

            HGF與MET結合導致受體二聚化,導致激酶結構域中細胞內(nèi)殘基Y1234和Y1235自磷酸化,隨后在激酶結構域外的C端磷酸化另外兩個酪氨酸殘基Y1349和Y1356。C末端殘基的磷酸化導致對接位點的形成,隨后銜接子和效應蛋白,如GRB2(生長因子受體結合蛋白2)、GAB1(GRB2相關結合蛋白1)和SHC(含Src同源2結構域),與停靠位點結合,觸發(fā)下游信號傳導。

             

            2005年報道了NSCLC中MET Ex14的跳躍 。內(nèi)含子13的3' 剪接位點或內(nèi)含子14的5 '末端剪接位點的替換或缺失導致MET Ex14跳躍。在MET Ex14的剪接點處或剪接點附近發(fā)生的這種體細胞改變導致轉錄物中外顯子14的丟失和MET蛋白的合成以及JM結構域中47個氨基酸的框內(nèi)缺失(包括殘基Y1003)消融CBL介導的受體泛素化和降解。因此,MET Ex14跳躍導致MET蛋白水平升高,這可以驅動促進腫瘤發(fā)展的下游信號通路的激活。

             

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            Fig 2. MET Ex14跳躍的機理

             

            MET Ex14跳躍的突變

            根據(jù)文獻報告,在非小細胞肺癌中常見的導致MET Ex14跳躍的突變有如下幾種:

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            Fig 3. 常見導致MET Ex14跳躍的突變

             

            同時在眾多的其他癌種中也發(fā)現(xiàn)很多,大約 3–4% 的 NSCLC 具有MET Ex14改變。在組織學亞型中,  MET Ex14跳躍改變常見于肉瘤樣癌 (4.9–31%),69–72腺鱗癌 (4–8%)、腺癌 (3–4%) 和鱗狀細胞癌 (2%)。此外,在腺癌中,主要的亞型是腺泡型 (35-52.9%) 或實性亞型 (35.3-53%)。臨床上,  METEx14跳躍異常多見于高齡患者。

             

            MET Ex14跳躍的檢測

            一般而言,基于DNA和RNA的分子檢測是檢測METex14改變的方法?;贒NA的測序分析可以檢測MET改變,例如剪接位點的插入、缺失、點突變或重復,這些改變可能導致外顯子14跳躍。然而,METEx14跳躍與剪接位點中超過120個報告的序列變異有關,這使得僅使用基于DNA的檢測來檢測這些突變具有挑戰(zhàn)性。因此,對RNA轉錄本的分析可以驗證外顯子13和15之間的融合。在理想情況下,基于DNA和RNA的檢測可相互補充,以可靠地檢測METEx14改變。

             

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            Fig 4. 常見針對DNA和RNA檢測技術來識別MET Ex14跳躍的方法

             

            MET Ex14跳躍的標準品

            科佰生物利用基因編輯的方法,成功獲得多種MET Ex14跳躍的標準品,表現(xiàn)為在DNA層面出現(xiàn)剪切變異,在RNA層面出現(xiàn)14外顯子的缺失,部分產(chǎn)品羅列如下:

             

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            表1. 部分MET Ex14跳躍突變的產(chǎn)品

             

            檢測數(shù)據(jù)如下(以c.3028+1_c.3028+9del為例

             

            AI-Edigene® MET Splice Site Mutation(c.3028+1_c.3028+9del)Reference Standard

             

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            Fig 5. DNA的sanger測序顯示c.3028+1_c.3028+9del

             

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            Fig 6. RNA的sanger測序發(fā)生14外顯子的缺失

             

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            Fig 7. DNA的ddPCR檢測,顯示突變頻率為*

             

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            Fig 8. RNA的ddPCR檢測,顯示拷貝數(shù)為1315.07 copies/ng

             

            如上數(shù)據(jù)可知,不僅僅在DNA層面發(fā)生了剪切變異,在RNA層面也發(fā)生了變異,而且根據(jù)ddPCR的拷貝數(shù)數(shù)據(jù)顯示,MET表達也大大增加了。


            科佰生物在使用基因編輯技術定制定點突變、插入、缺失、融合上有豐富的經(jīng)驗,歡迎大家一起溝通討論。

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