熒光定量PCR之RNA提取及質(zhì)量評(píng)估的方法
分子生物學(xué)研究對(duì)提取RNA要求較高,純度高、完整性好、含量高的RNA是獲得實(shí)驗(yàn)成功的關(guān)鍵和前提。小編給各位小伙伴總結(jié)了以下RNA提取常見問題及RNA質(zhì)量的評(píng)估方法:
常見的RNA提取方法有異硫氰酸胍-苯酚法(Trizol法)、離心柱法和磁珠法。Trizol法是動(dòng)物組織及動(dòng)物細(xì)胞總RNA提取常用的方法。Trizol法裂解能力較強(qiáng),尤其適合小樣本及特別難提取的組織,如皮膚,動(dòng)物結(jié)締組織等總RNA的提取;另外Trizol作為一種通用型的裂解試劑,還可以用于植物組織、細(xì)菌、真菌等組織的提取。離心柱法是一種十分穩(wěn)定的RNA提取方法,電泳條帶較為均一,但分子量較小的RNA會(huì)被過濾掉。磁珠法是使RNA與納米磁珠結(jié)合,在磁場(chǎng)作用下,磁珠-核酸復(fù)合物與液體分離,再把核酸從磁珠上洗脫下來。對(duì)于含多糖多酚的植物組織如油茶、茶葉、油菜等還可以使用CTAB法進(jìn)行總RNA的提取。那么在RNA提取過程中如何防止RNA降解,保證RNA質(zhì)量?
如何避免RNA降解?
1.避免RNA酶的產(chǎn)生:
A 、避免內(nèi)源性RNAase:
內(nèi)源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因。收集樣本時(shí),內(nèi)源性RNA酶釋放,降解RNA,降解速度與酶含量和溫度有關(guān),所以收集樣本時(shí)必須馬上進(jìn)行內(nèi)源RNA酶的失活。內(nèi)源性RNAase失活方法:①迅速研磨破碎后加入裂解液中保存;②立即切成小塊投入液氮中保存;③使用RNAlater保護(hù)劑等。
B、避免外源性RNAase:
使用無RNase的塑料制品和槍頭,玻璃器皿要消毒避免交叉污染,注意:戴帽子、戴口罩、橡膠無菌手套,在清潔灰塵少的試驗(yàn)臺(tái)提取。
2.提高RNA提取效率:
A 、組織RNA提?。?/strong>
選用新鮮組織,這樣RNA提取的效果比較好;如果不是新鮮的(最好在半年之內(nèi),-80℃或者液氮中凍存的)組織,注意不要反復(fù)凍融,從冰凍狀態(tài)拿到0-4℃,待組織解凍后,用DEPC泡過的剪刀剪一小塊組織,稱重后,放到預(yù)冷的勻漿器中,進(jìn)行勻漿處理。注意:速度不要太快,要有間隙,否則由于摩擦產(chǎn)熱,RNA遇熱會(huì)加速降解。如果一次做多個(gè)標(biāo)本的RNA提取,也要這樣做,更不能急。后面的步驟和細(xì)胞RNA提取一樣。
B、培養(yǎng)細(xì)胞的RNA提?。?/strong>
貼壁細(xì)胞,需要先用胰酶消化后,然后收集到離心管中,離心,去上清然后用PBS多洗2-3次,以去除多余的胰酶。懸浮細(xì)胞,直接用吸管或者加樣槍吹打,以使細(xì)胞基本可以被吹下來。然后離心去上清,不需要用PBS洗。
如何確認(rèn)RNA質(zhì)量的好壞?
1. RNA溶液純度的檢測(cè):
RNA溶液在280、320、230、260nm下的吸光度分別代表了核酸、背景(溶液渾濁度)、鹽濃度和蛋白等有機(jī)物的值。一般我們通過OD260/OD280的值來判斷RNA純度:
OD260/280的值在1.9-2.1之間,認(rèn)為RNA純度較好;
OD260/280的值小于1.8時(shí),表明蛋白質(zhì)雜質(zhì)較多;
OD260/280的值大于2.2時(shí),表明RNA已經(jīng)降解;
注意:如果用TE溶液洗脫RNA,會(huì)使OD260/280的值偏大。
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