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            化工儀器網(wǎng)>技術(shù)中心>選購指南>正文
            
		
            
	
            
	
            
		
            
			
			
            
				
            
					
            
						
            
						
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            上新 | 高酶活性、高穩(wěn)定性能，酶法轉(zhuǎn)化原料助力甲基化研究！
            
							
            
								來源：翌圣生物科技（上海）股份有限公司  
								2023年10月26日 08:47  
                                
    
    
    
        
							
            
						
            
						
            
							
             

             
            DNA甲基化
             
            DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNA methyltransferase，DMT) 的催化下，以s-腺苷甲硫氨酸（SAM）為甲基供體，將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。在哺乳動物中DNA甲基化主要發(fā)生在5’-CpG-3’的C上生成5-甲基胞嘧啶（5mC）。多項(xiàng)研究表明DNA低甲基化與早期腫瘤發(fā)生發(fā)展及抗癌耐藥性相關(guān)，已成為應(yīng)用潛力的生物標(biāo)志物。
             
            圖1.DNA甲基化示意圖
             
             
            酶法轉(zhuǎn)化-EM-seq
             
            利用氧化酶（TET酶）、T4-葡糖基轉(zhuǎn)移酶（T4-BGT）、脫氨酶（APOBEC酶）將未甲基化的胞嘧啶（C）轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U），可更大程度地減少對DNA的損傷，最終產(chǎn)生的高質(zhì)量文庫。
             
            圖2.酶法轉(zhuǎn)化-EM-seq的工作流程（Genome Res. 2021 Jun 17;31(7):1280-1289）
             
             
            酶法轉(zhuǎn)化-EM-seq的優(yōu)勢
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
            • 1、轉(zhuǎn)化效率高，樣本損傷?。?/span>
               
            • 2、WGBS測序中，相對亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化，EM-seq有更高的文庫豐富度，可檢測到更多的 CpG位點(diǎn)；
               
            • 3、可兼容cfDNA、FFPE DNA、單細(xì)胞DNA等樣本；
               
            • 4、更少的樣本投入量，可獲得更高的數(shù)據(jù)質(zhì)量。
             
             
             
            酶法轉(zhuǎn)化-Taps
             
            利用氧化酶（TET酶）將5mC和5hmC轉(zhuǎn)化為5-羧基胞嘧啶（5caC）， 吡啶硼將5caC轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，PCR擴(kuò)增后用于測序。
             
            圖3.酶法轉(zhuǎn)化-Taps的工作流程（Nat Commun. 2021 Jan 27;12(1):618.）
             
             
            酶法轉(zhuǎn)化-Taps優(yōu)點(diǎn)
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
             
            • 1、破壞性更小、效率更高。
               
            • 2、能保留樣本更多的原始信息，在DNA甲基化檢測中，可同時(shí)檢測基因突變和結(jié)構(gòu)變異。
               
            • 3、可與多種下游分析技術(shù)兼容，包括但不限于甲基化敏感性PCR、限制性酶切、質(zhì)譜、全基因組測序等
             
            翌圣通過ZymeEditor酶改造平臺對用于甲基化酶法轉(zhuǎn)化的全套酶原進(jìn)行性能提升及工藝優(yōu)化，助力甲基化檢測。
             
             
             
            酶原料的功能驗(yàn)證數(shù)據(jù)
             
            TET/T4-BGT/APOBEC
             
             
            1、酶原料的殘留檢測
             
             
            TET/T4-BGT/APOBEC酶均未檢測出外切酶和切口酶殘留
             
             
            TET酶
             
            圖4.TET酶外切酶和切口酶的殘留檢測
             
             
            T4-BGT酶
             
            圖5.T4-BGT酶外切酶和切口酶的殘留檢測
             
             
            APOBEC酶
             
            圖6.APOBEC酶外切酶和切口酶的殘留檢測
             
             
            2、酶原料的功能檢測
             
             
            TET/T4-BGT/APOBEC酶原料與對應(yīng)的緩沖液，cfDNA 以10ng和200ng的樣本起始量并參入1% λDNA和0.5%pUC19 DNA進(jìn)行甲基化轉(zhuǎn)化和甲基化建庫（12221ES），同時(shí)采用亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化作為對比（12222ES）, 結(jié)果顯示：TET/T4-BGT酶氧化效率≥99%，APOBEC酶的脫氨效率≥99%，轉(zhuǎn)化率與亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化相當(dāng)，均能達(dá)到預(yù)期的效果。
            圖7：TET/T4-BGT/APOBEC酶原料的功能檢測
             
             
            3、穩(wěn)定性檢測
             
             
            采用3個(gè)批次的酶原料進(jìn)行功能檢測，TET/T4-BGT酶氧化效率以及APOBEC酶的脫氨效率均能達(dá)到99%以上,具有良好的批間穩(wěn)定性。
            批次號
            A批次
            B批次
            C批次
            Input gDNA（ng）
            5
            150
            5
            150
            5
            150
            C convert（%）
            99.25
            99.65
            99.1
            99.31
            99.05
            99.49
            CpG methylated（%）
            1.20
            0.60
            1.30
            0.17
            0.49
            0.54
             
             
            產(chǎn)品訂購指南
             
             
            產(chǎn)品名稱
            產(chǎn)品貨號
            Recombinant Ten-Eleven Translocase (TET)
            14554ES
            Recombinant APOBEC3A (A3A) Protein
            14553ES
            T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (10 U/μL)
            14551ES
             
             
             
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            產(chǎn)品貨號
            柱式-亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化
            Hieff® DNA Bisulfite  Conversion Kit
            12222ES
            磁珠法-亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化
            Hieff® Mag DNA Methylation Bisulfite Kit
            12223ES
            甲基化建庫
            Hieff NGS® Methyl-seq DNA library Prep kit for Illumina® V2
            12221ES
            甲基化建庫
            Hieff NGS® dsDNA Methyl Library Prep Kit for Illumina®雙鏈DNA甲基化建庫試劑盒
            12214ES


            
						
            
					
            
										
										
            
						
						  
            
							
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