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解決方案 | 腫瘤診治新篇章：翌圣NGS技術(shù)助力精準(zhǔn)醫(yī)療
腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)療
中國的癌癥發(fā)病率和死亡率一直在上升，自2010年以來，癌癥成為主要的死亡原因，也是中國的一個主要公共衛(wèi)生問題，每年惡性腫瘤所致的醫(yī)療花費超過2200億。隨著越來越多的腫瘤早篩、伴隨診斷產(chǎn)品被NMPA批準(zhǔn)，更多的省份將腫瘤分子診斷技術(shù)納入醫(yī)保，更多的腫瘤患者將得益于分子診斷技術(shù)的輔助治療，未來腫瘤患者生存率將與發(fā)達(dá)國家不斷縮小。
腫瘤伴隨診斷NGS解決方案
翌圣DNA文庫制備產(chǎn)品方案
機械法 DNA 建庫試劑盒
Hieff NGS® DNA Library Prep Kit（Cat#13577）
優(yōu)異的捕獲數(shù)據(jù)質(zhì)量
不同樣本不同品牌建庫產(chǎn)量及下機數(shù)據(jù)對比測試
分別利用cfDNA、NA12878人類基因組 DNA 標(biāo)準(zhǔn)品、FFPE DNA為模板，其中cfDNA、NA12878樣本投入量為30 ng，F(xiàn)FPE DNA投入量為50 ng，13577與競品試劑在3種樣本上建庫，捕獲panel為何因Cancer SLC Panel，結(jié)果顯示：13577產(chǎn)量優(yōu)，下機數(shù)據(jù)捕獲率、平均捕獲深度和supplier I品牌相當(dāng)，且與3家競品試劑相比，13577 Dup值低。
機械法 DNA 建庫試劑盒搭配 FFPE 修復(fù)試劑
Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent（Cat#12606）
修復(fù)試劑 12606 搭配 13577 建庫試劑盒文庫產(chǎn)量測試數(shù)據(jù)
選擇7種不同類型的FFPE樣本，每個樣本實驗分成兩組，分別為末修環(huán)節(jié)不添加FFPE修復(fù)試劑和添加FFPE修復(fù)試劑，模板投入量為50 ng，PCR循環(huán)數(shù)為8，構(gòu)建好文庫后直接進(jìn)行上機測序。
加修復(fù)試劑能提高不同質(zhì)量FFPE樣本的建庫產(chǎn)量
加修復(fù)試劑對文庫產(chǎn)量的影響
加FFPE修復(fù)試劑的文庫產(chǎn)量更高，文庫產(chǎn)量提升大約在10-200%。
酶切法建庫試劑盒
Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3（Cat#12194）
極低的假陽性率
NGS建庫引入的假陽性問題主要包括嵌合序列和堿基錯摻等因素，在酶切法片段化時將會引入一些假的嵌合序列，12194對片段化酶全面升級，解決了酶切假陽性的痛點。
用12194酶法片段化建庫試劑盒對3種標(biāo)準(zhǔn)品樣本（FFPE標(biāo)準(zhǔn)品、gDNA標(biāo)準(zhǔn)品、ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品）建庫，并和競品W進(jìn)行了頭對頭的比較。數(shù)據(jù)顯示，無論是FFPE樣本、gDNA、還是ctDNA，12194的Soft Clip、false chimeric都低于或近似于競品W。
多重擴增靶向測序以超多重PCR為基礎(chǔ)，通過對目標(biāo)基因組區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計及PCR擴增，富集靶向區(qū)域。
多重擴增靶向測序
多重擴增靶向測序以超多重PCR為基礎(chǔ)，通過對目標(biāo)基因組區(qū)域進(jìn)行引物設(shè)計及PCR擴增，富集靶向區(qū)域。
2×Hieff® C2P4 Blood Direct Multiplex PCR Master Mix（Cat#13606）
良好的均一性
不同投入量的FFPE樣本進(jìn)行多重PCR建庫，分別用兩個擴增子引物池進(jìn)行一輪擴增，202對引物和530對引物，插入片段在200-300 bp，在相同的擴增循環(huán)數(shù)和測序數(shù)據(jù)量，13606相較于競品A有更好的均一性。
腫瘤轉(zhuǎn)錄組測序
FFPE 樣本的 rRNA 去除
Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit （rRNA & ITS/ETS）（Cat#12257）
不同樣本rRNA去除效率高，rRNA殘留率低
分別以1μg 人、小鼠、大鼠總RNA為樣本，Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit （rRNA & ITS/ETS）（12257ES24/96）去除試劑盒去除rRNA后建庫，測序獲得rRNA殘留數(shù)據(jù)。
人珠蛋白去除
Globin mRNA Depletion Probe (Human)（Cat#12806）
良好的Globin去除性能
人血液RNA樣本為模板，以不同的投入進(jìn)行珠蛋白基因的去除，去除后Globin的占比幾乎為零。
FFPE 樣本 RNA 建庫
Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit（Cat#12308）
數(shù)據(jù)產(chǎn)出高，文庫均一性較好
不同質(zhì)量FFPE樣本與競品公司的相似度（上排）與均一性（下排）對比
不同質(zhì)量的FFPE樣本的RNA文庫測序得到的結(jié)果進(jìn)行文庫分析，與競品公司的文庫測序結(jié)果相似性高，數(shù)據(jù)的均一性更好。
腫瘤早篩NGS解決方案
腫瘤轉(zhuǎn)錄組測序
甲基化轉(zhuǎn)化
Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit（Cat#12225）
產(chǎn)品優(yōu)勢
轉(zhuǎn)化率高：DNA樣品中未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶的轉(zhuǎn)化率高達(dá)99.5%以上；
完整度好，回收率高：DNA降解程度低，轉(zhuǎn)化后樣本完整度好，DNA樣品的回收率高達(dá)55%以上。
human gDNA不同投入量進(jìn)行亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化，樣本中參入1%λDNA和0.5% PUC19DNA，12225ES的轉(zhuǎn)化率＞99.5%，DNA的回收率＞55%。
酶法甲基化轉(zhuǎn)化原料
TET/T4-BGT/APOBEC
為解決亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化的痛點，翌圣生物基于自主生物技術(shù)，使用定向進(jìn)化技術(shù)獲得了高活性的TET/T4-BGT/APOBEC，這三種酶可應(yīng)用于EM-seq酶法轉(zhuǎn)化。
cfDNA 以10 ng和200 ng的樣本起始量并參入1% λDNA和0.5%pUC19 DNA進(jìn)行甲基化轉(zhuǎn)化和甲基化建庫（Cat#12221ES），同時采用亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化作為對比（Cat#12222ES）, 結(jié)果顯示：TET2/T4-BGT酶氧化效率≥99%，APOBEC酶的脫氨效率≥99%，轉(zhuǎn)化率與亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化相當(dāng)，均能達(dá)到預(yù)期的效果。
DNA 甲基化建庫
甲基化單鏈建庫
Hieff NGS® Methyl-seq ssDNA Library Prep Kit for Illumina® V2（Cat#12221）
產(chǎn)品優(yōu)勢
投入量低：可滿足10 pg~250 ng起始量的樣本建庫；
數(shù)據(jù)質(zhì)量佳：不同樣本類型及不同投入量條件下均表現(xiàn)出優(yōu)異的數(shù)據(jù)質(zhì)量；
操作簡便：2小時左右可以完成建庫。
以gDNA、cfDNA、FFPE DNA為模板，先進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化，再進(jìn)行建庫。轉(zhuǎn)化試劑盒：DNA甲基化亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化試劑盒（ Cat # 12222ES）；和競品對比，本試劑盒文庫產(chǎn)率要比競品高。在測序數(shù)據(jù)方面Mapping ratio(%)比競品略高，dup ratio(%)和競品相當(dāng)。
甲基化雙鏈建庫
Hieff NGS® dsDNA Methyl Library Prep Kit for Illumina®（Cat#12214）
產(chǎn)品優(yōu)勢
所有組分均通過質(zhì)量控制和功能驗證，以確保文庫的穩(wěn)定產(chǎn)出；
支持多種類型DNA樣本，包括gDNA、cfDNA和FFPE等；
兼容10 ng-1000 ng DNA的樣本投入量，并兼容市面主流的轉(zhuǎn)化方案。
12214ES文庫產(chǎn)量、數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)于競品
不同樣本不同投入量的文庫濃度
產(chǎn)品訂購
樣本前處理
產(chǎn)品應(yīng)用 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品編號 |
化學(xué)轉(zhuǎn)化 | DNA Methylation Bisulfite Kit | 12222ES |
Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit | 12225ES | |
Hieff® Mag DNA Methylation Bisulfite Kit | 12223ES | |
甲基化轉(zhuǎn)化酶原料 | Recombinant Ten-Eleven Translocase 2.0(eTET2.0, with buffer) | 12212ES |
T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (300 U/μL) | 14552ES | |
14553 Recombinant APOBEC3A (A3A) Protein | 14553ES | |
Recombinant Ten-Eleven Translocase (TET) | 14554ES | |
rRNA去除 | Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)（Cat#12257） | 12257ES |
珠蛋白RNA去除 | Globin mRNA Depletion Probe(Human)（Cat# 12806） | 12606ES |
文庫建庫
產(chǎn)品應(yīng)用 | 產(chǎn)品名稱 | 產(chǎn)品編號 |
機械法建庫 | Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 全能型DNA建庫試劑盒 | 13577ES |
FFPE 修復(fù)試劑 | Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent | 12606ES |
酶切法建庫 | Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3一步法DNA建庫試劑盒V3 | 12194ES |
多重擴增建庫 | 2×Hieff® C2P4 Blood Direct Multiplex PCR Master Mix | 13606ES |
RNA建庫 | Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit | 12308ES |
甲基化建庫 | Hieff NGS® Methyl-seq DNA library Prep kit for Illumina® V2 | 12221ES |
Hieff NGS® dsDNA Methyl Library Prep Kit for Illumina® | 12214ES |
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