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            干貨 | 基因編輯探秘系列之在細(xì)胞與基因治療領(lǐng)域的應(yīng)用

            來源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2024年06月26日 18:04  

            2023年11月16日,Vertex Pharmaceuticals和CRISPR Therapeutics共同宣布基因編輯療法產(chǎn)品CASGEVY™(Exagaglogene autotemcel)獲英國藥品監(jiān)管機(jī)構(gòu)MHRA有條件批準(zhǔn)上市,用于治療治療鐮狀細(xì)胞?。⊿CD)和輸血依賴性β-地中海貧血(TDT),是獲批上市的CRISPR基因編輯藥物,12月8日,美國食品和藥物管理局(FDA)也批準(zhǔn)了該基因編輯治療藥物。這是基因編輯治療里程碑事件,代表著一項(xiàng)重大的科學(xué)進(jìn)步可以讓數(shù)以萬計(jì)的患者受益。

             


            圖1. CASGEVY™治療流程(Source:CRISPR Therapeutics)

             

            CRISPR基因編輯療法

            自2012年亮相以來,CRISPR技術(shù)已在基因功能研究、藥物靶點(diǎn)篩選、遺傳疾病治療、癌癥研究以及作物育種等多個(gè)領(lǐng)域取得突破性成果。其工作機(jī)制如下:

             

            Cas蛋白(如常用的Cas9)在gRNA的引導(dǎo)下定位到目標(biāo)DNA序列,隨后Cas9與DNA結(jié)合并切割其雙鏈,產(chǎn)生一個(gè)雙鏈斷裂(DSB)。細(xì)胞為了修復(fù)這一斷裂,將啟動(dòng)自身的修復(fù)機(jī)制,如非同源末端連接(NHEJ)或同源重組修復(fù)(HDR)。通過這些修復(fù)過程,可以在目標(biāo)DNA中引入特定的序列。

             

            目前CRISPR技術(shù)能精確度對DNA進(jìn)行修改,包括添加、刪除或替換特定基因片段,這一進(jìn)步不僅使基因修復(fù)更加便捷和精準(zhǔn),也為基因治療指明了新的發(fā)展方向?;贑RISPR技術(shù)的基因治療主要分為體外和體內(nèi)兩種形式,下面將為大家詳細(xì)介紹。

             

            圖2. 體外與體內(nèi)基因編輯療法[1]

             

             

            體外基因編輯療法

            體外CRISPR基因編輯療法主要包括從患者身上收集細(xì)胞、在體外進(jìn)行進(jìn)行CRISPR基因編輯、將編輯后的細(xì)胞移植回患者體內(nèi)等流程,上述介紹的CASGEVY™便是典型的體外CRISPR基因編輯療法。除了直接利用CRISPR技術(shù)糾正導(dǎo)致癌癥的基因突變外,該技術(shù)在癌癥治療領(lǐng)域的另一關(guān)鍵應(yīng)用是免疫細(xì)胞的工程化改造,如創(chuàng)建嵌合抗原受體T細(xì)胞(CAR-T)、通用型CAR-T(UCAR-T)等抗癌免疫療法。

             

            CAR-T療法是通過改造患者自體T細(xì)胞,使T細(xì)胞表面表達(dá)針對特定癌癥抗原的嵌合抗原受體(CAR),通過CAR特異性識(shí)別體內(nèi)腫瘤細(xì)胞,并釋放大量的多種效應(yīng)因子,高效地殺滅腫瘤細(xì)胞。然而,CAR-T療法在實(shí)際應(yīng)用中仍面臨一些挑戰(zhàn),包括較長的制備周期、自體T細(xì)胞質(zhì)量的不穩(wěn)定性以及相對較高的治療成本,這些因素限制了其更廣泛的應(yīng)用。

             

            圖3. CAR-T療法流程圖[2]

             

            為了突破傳統(tǒng)CAR-T療法的限制,UCAR-T療法,即通用型CAR-T或異體CAR-T應(yīng)運(yùn)而生。這種療法使用健康捐獻(xiàn)者的T細(xì)胞作為原料,通過病毒載體等技術(shù)將CAR基因?qū)隩細(xì)胞,并運(yùn)用基因編輯技術(shù)去除T細(xì)胞表面的TCR、HLA或CD52等分子,以預(yù)防供體T細(xì)胞引發(fā)的移植物抗宿主?。℅vHD)并降低患者對異體細(xì)胞的排異反應(yīng)(HvGR)。經(jīng)過這一系列精細(xì)的改造和擴(kuò)增過程,UCAR-T細(xì)胞被制備成可用于治療患者的成熟產(chǎn)品。

             

            圖4. UCAR-T療法流程[3]

             

            UCAR-T療法流程:

             
            01
             

            供者篩選

            選擇健康供者進(jìn)行T細(xì)胞的采集。

            02
             

            CAR的引入

            利用病毒載體或非病毒方法將CAR基因轉(zhuǎn)入T細(xì)胞,使其能夠特異性識(shí)別腫瘤細(xì)胞表面的抗原。

            03
             

            基因編輯

            使用CRISPR/Cas、TALENs或ZFNs等基因編輯技術(shù),敲除T細(xì)胞表面的TCR、HLA或其他可能導(dǎo)致免疫排斥的分子,以降低異體反應(yīng)。

            04
             

            體外擴(kuò)增

            在實(shí)驗(yàn)室條件下對改造后的T細(xì)胞進(jìn)行大量擴(kuò)增,以獲得足夠的細(xì)胞數(shù)量用于治療。

            05
             

            質(zhì)量控制

            對擴(kuò)增后的UCAR-T細(xì)胞進(jìn)行嚴(yán)格的質(zhì)量檢測,包括細(xì)胞活性、純度、無菌性等。

            06
             

            患者篩選和準(zhǔn)備

            確定患者是否適合接受UCAR-T治療,并進(jìn)行一些預(yù)處理,以減少宿主對UCAR-T的排斥。

            07
             

            細(xì)胞輸注

            將UCAR-T細(xì)胞通過靜脈輸注到患者體內(nèi)。

             

            CRISPR基因編輯的體外療法涉及從患者體內(nèi)提取細(xì)胞,在實(shí)驗(yàn)室環(huán)境中進(jìn)行基因修改,然后將經(jīng)過編輯的細(xì)胞重新輸回患者等過程。這種方法適用于某些關(guān)鍵類型的細(xì)胞,如造血干細(xì)胞(HSC),但并不適用于所有種類的細(xì)胞。另一種基因編輯療法是直接在體內(nèi)進(jìn)行的基因編輯,無需細(xì)胞提取和體外操作的步驟,可直接在患者的體內(nèi)進(jìn)行基因編輯。這種方法易于批量生產(chǎn),給藥方式簡單,能顯著降低治療成本,還能為難以進(jìn)行細(xì)胞提取或體外培養(yǎng)的疾病提供治療可能。

             

             

            體內(nèi)CRISPR基因編輯療法

            體內(nèi)基因編輯療法主要通過將基因編輯工具直接輸送至患者體內(nèi),在體內(nèi)環(huán)境中對引發(fā)疾病的特定基因進(jìn)行精確且有效的修改。目前已用于體內(nèi)基因編輯治療的基因編輯工具有3類:核酸酶(Nucleases)、堿基編輯器(Base editors)及先導(dǎo)編輯器(Prime editors)。

             

            圖5. 體內(nèi)基因編輯療法原理圖[4]

             

            在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中,通常利用核酸酶在基因組DNA的特定位置引入DSB實(shí)現(xiàn)有效的基因編輯,其中,CRISPR-Cas核酸酶系統(tǒng)因其高效性和精確性而成為創(chuàng)建定向DSB廣泛的應(yīng)用工具。CRISPR-Cas核酸酶系統(tǒng)體內(nèi)基因編輯流程如下:

             

             
            01
             

            gRNA設(shè)計(jì)及合成

            設(shè)計(jì)特異性的導(dǎo)向RNA(gRNA)以靶向特定的DNA序列。

            02
             

            Cas蛋白遞送形式選擇

            選擇合適的基因編輯形式,如質(zhì)粒DNA(pDNA)、mRNA或Cas核糖核蛋白(RNP)。

            03
             

            遞送系統(tǒng)的選擇與優(yōu)化

            選擇合適的遞送系統(tǒng),如腺相關(guān)病毒(AAV)、脂質(zhì)納米顆粒(LNP)、病毒樣顆粒(VLP)等。

            04
             

            體內(nèi)送達(dá)

            將基因編輯復(fù)合體通過靜脈注射、局部注射或其他方式遞送到患者體內(nèi)。

            05
             

            基因編輯

            在目標(biāo)細(xì)胞內(nèi),gRNA引導(dǎo)Cas蛋白識(shí)別并結(jié)合到目標(biāo)DNA序列。Cas蛋白在目標(biāo)位點(diǎn)造成DNA雙鏈斷裂(DSB)。

            06
             

            DNA修復(fù)

            細(xì)胞通過自身的DNA修復(fù)機(jī)制,對斷裂的DNA進(jìn)行修復(fù)。

            07
             

            監(jiān)測與評(píng)估

            監(jiān)測基因編輯效果,評(píng)估脫靶效應(yīng)和治療效果。通過生物標(biāo)志物和臨床指標(biāo)評(píng)估安全性和有效性。

             

            圖6. 核酸酶作用原理圖[1]

             

            來源于化膿性鏈球菌(Streptococcus pyogenes)的SpCas9蛋白是目前最為常用的一種Cas蛋白,然而,由于SpCas9潛在的脫靶效應(yīng)和尺寸限制等問題,研究人員持續(xù)探索其他類型的Cas蛋白,如Cas12和Cas13,以期找到更小、更精確的Cas蛋白。同時(shí),通過蛋白質(zhì)工程技術(shù)對Cas蛋白進(jìn)行改造也是當(dāng)前研究的重點(diǎn)之一。這些改造旨在提高基因編輯的效率、減少脫靶率并優(yōu)化編輯窗口,從而進(jìn)一步擴(kuò)展CRISPR技術(shù)在基因治療等領(lǐng)域的應(yīng)用潛力。

             

            目前CRISPR基因編輯技術(shù)仍處于高速發(fā)展階段,整個(gè)行業(yè)尚未成熟,隨著技術(shù)的不斷進(jìn)步,預(yù)計(jì)會(huì)有更多的遞送技術(shù)得到改進(jìn),新的傳遞工具也將誕生,從而進(jìn)一步提高治療的安全性和效果。體外CRISPR基因編輯療法已上市,相信體內(nèi)療法也會(huì)在不久的將來問世。

             

             

            基因編輯相關(guān)產(chǎn)品

             

            編輯類型

            產(chǎn)品分類

            產(chǎn)品名稱

            產(chǎn)品貨號(hào)

            體外編輯(研究級(jí))

            Cas9蛋白

            Cas9 Nuclease

            14701ES

            Cas12a蛋白

            ArCas12a Nuclease

            14702ES

            Cas12b蛋白

            AapCas12b Nuclease

            14808ES

            sgRNA合成

            Hifair® Precision sgRNA Synthesis Kit

            11355ES

            表達(dá)鑒定

            Cas9(CRISPR Associated Protein 9) ELISA Kit

            99401ES

            體內(nèi)編輯

            (GMP級(jí))

            內(nèi)切酶

            BspQI GMP-grade (10 U/μL)

            10664ES

            Bsa I GMP-grade (20 U/μL)

            10661ES

            T7 RNA Polymerase

            T7 RNA Polymerase GMP-grade (50 U/μL)

            10624ES

            無機(jī)焦磷酸酶

            Pyrophosphatase,Inorganic GMP-grade

            10620ES

            RNase抑制劑

            Murine RNase inhibitor GMP-grade  

            10621ES

            牛痘病毒加帽酶

            mRNA Vaccinia Capping Enzyme GMP-grade

            10614ES

            Cap2氧甲基轉(zhuǎn)移酶

            mRNA Cap 2'-O-Methyltransferase GMP-grade

            10612ES

             

            參考文獻(xiàn):

            [1]Pacesa M, Pelea O, Jinek M. Past, present, and future of CRISPR genome editing technologies. Cell. 2024;187(5):1076-1100.

            [2]Mohanty R, Chowdhury C R, Arega S, et al. CAR T cell therapy: A new era for cancer treatment[J]. Oncology reports, 2019, 42(6): 2183-2195.

            [3] Depil S, Duchateau P, Grupp SA, Mufti G, Poirot L. 'Off-the-shelf' allogeneic CAR T cells: development and challenges. Nat Rev Drug Discov. 2020;19(3):185-199.

            [4] Raguram A, Banskota S, Liu DR. Therapeutic in vivo delivery of gene editing agents. Cell. 2022;185(15):2806-2827.

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