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            分子克隆實驗的流程及注意事項--一、酶切連接

            來源:深圳市安培生物科技有限公司   2025年03月17日 18:56  

            一、酶切連接
            一般來說,限制性內切酶的選擇非常重要。建議從以下方面判斷選擇:
            1.限制性內切酶的識別序列在目的載體中存在且只有一個,在目的片段中不存在;
            2.盡量選擇酶切產(chǎn)物為粘性末端、酶切效率高的限制性內切酶,如BamH I、Hind III 等;
            3.雙酶切時,注意緩沖液對兩種內切酶的活性影響,可根據(jù)具體活性相應調整酶量和反應時間;若緩沖液不能同時滿足兩種酶的要求,需要分步酶切;
            4.單酶切時,建議對線性化載體進行去磷酸化操作,減少載體自身環(huán)化的出現(xiàn)。
            注: 酶 切 后, 為 防 止 載 體 自 連 , 尤 其 當 酶 切 后 產(chǎn) 物 末 端 可 互 補 或 是 平 端 時 ( 產(chǎn) 物 末 端 的 磷 酸 基團 和 羥 基 基 團 可 連 接 成 為 酯 鍵 導 致 自 連 發(fā) 生 ), 有 必 要 進 行 載 體 的 去 磷 酸 化 。 在 載 體 去 磷 酸 化
            過程中,堿性磷酸酶可去除載體末端的5’磷酸基團 。

            引物設計與PCR擴增

            1.完成目的片段 PCR 擴增引物設計后,根據(jù)載體線性化使用的限制性內切酶,分別在上下游引物的 5’端引入對應內切酶的酶切位點與保護堿基;
            2.建議使用高保真酶進行目的片段的 PCR 擴增,并摸索退火溫度,優(yōu)化反應體系和程序。

            PCR / 酶切產(chǎn)物的純化回收

            1.PCR/ 酶切反應后,產(chǎn)物應當進行瓊脂糖凝膠電泳鑒定,判斷是否存在目的大小的條帶;
            2.推薦使用切膠回收的方式純化回收 ( 切膠時間最好控制在 3min 內,避免紫外照射對 DNA 的損傷 ),回收濃度使用 NanoDrop/OneDrop 等儀器檢測,并跑膠鑒定是否僅存在目的條帶;
            3.回收濃度低時,可通過增加 PCR/ 酶切反應體系,采取多管反應單管回收的方式,提高回收產(chǎn)物的濃度;
            4.PCR 產(chǎn)物應當在完成切膠回收操作后,再進行酶切反應及后續(xù)的純化回收。

            目的片段與載體的連接

            利用 T4 DNA 連接酶完成酶切后載體與片段的連接重組。
            1. 連接體系中使用的線性化載體與目的片段摩爾比可在 1:1 ~ 1:10 之間調整,一般最適比例為 1:3;
            2. 平末端載體與 DNA 片段連接時,應首先將載體進行去磷酸化操作,減少載體自身環(huán)化的出現(xiàn);
            3. 連接體系各組分投入體積≥ 1μl,濃度過高時可稀釋后使用。

            感受態(tài)轉化涂板
            1.連接產(chǎn)物轉化的感受態(tài)細胞建議使用克隆用化學感受態(tài)細胞,不建議使用表達用感受態(tài)細胞;
            注:DH5α、Fast-T1 適合≤ 15kb 質粒轉化;XL10 適合 >10kb 質粒轉化
            2.重組產(chǎn)物體積與感受態(tài)細胞體積的比例為 1:10,推薦 10μl 重組產(chǎn)物加入至 100μl 感受態(tài)細胞或 5μl 重組產(chǎn)物加入至 50μl 感受態(tài)細胞;
            3.熱激時間:按照感受態(tài)細胞說明書操作進行;
            4.平板抗生素抗性:平板使用抗性與轉化的載體抗性需保持一致;
            5.菌液涂板體積:將菌液離心(2500×g、3min),移液槍吸取丟棄多余 LB 培養(yǎng)基,保留
            100μl 重懸后全部涂板;或吸取合適體積涂板。

            單克隆菌落PCR鑒定

            1.挑取平板中體積大小適中的單克隆菌落,避免選擇過大或過小的單克隆菌落;

            2.挑取數(shù)個單克隆菌落進行鑒定分析;
            3. 挑取的菌落放入已添加 10μl ddH2O 的 1.5ml 或 2ml EP 管中溶解混勻后,吸取 1-2μl 作為
            PCR 反應(10/20μl 體系)模板;
            4. 推薦使用一對分別位于片段和載體的上下游引物進行 PCR 鑒定。


            常見問題分析

            未酶切或部分酶切

            1. 限制性內切酶失活:建議使用新酶;

            2. 反應體系與程序非最佳化:按照說明書建議操作;

            3. 限制性內切酶濃度過低:建議增加酶使用量;

            4. DNA 模板過多:按照說明書建議操作;

            5. 體系存在抑制劑:對照組操作驗證;

            6. 識別位點錯誤:測序驗證序列信息;

            7. DNA 可能形成超螺旋結構:增加酶量;

            8. 識別位點過于接近 DNA 末端:末端添加保護堿基。



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