A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測(cè)序試劑盒用戶(hù)指南

——為科研人員提供高效、精準(zhǔn)的下一代測(cè)序解決方案

一、產(chǎn)品概述

A30044 Ion PGM™ Hi-Q™ View 測(cè)序試劑盒是賽默飛世爾科技（Thermo Fisher Scientific）專(zhuān)為Ion PGM™平臺(tái)設(shè)計(jì)的二代測(cè)序（NGS）耗材，適用于200 bp和400 bp文庫(kù)的高通量測(cè)序。該試劑盒采用Hi-Q™ View化學(xué)體系，通過(guò)優(yōu)化測(cè)序引物、聚合酶及核苷酸混合物，顯著提升數(shù)據(jù)質(zhì)量與變異檢測(cè)靈敏度，是基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)及表觀遺傳學(xué)研究的理想工具。

二、技術(shù)規(guī)格

• 貨號(hào)：A30044

• 規(guī)格：?jiǎn)未芜\(yùn)行支持8次200 bp測(cè)序或4次400 bp測(cè)序

• 儲(chǔ)存條件：-20°C（短期）、-80°C（長(zhǎng)期，避免反復(fù)凍融）

• 兼容設(shè)備：

• Ion PGM™系統(tǒng)（需配合Ion OneTouch™ 2系統(tǒng)自動(dòng)化建庫(kù)）

• 支持芯片類(lèi)型：Ion 314™ Chip v2 BC、Ion 316™ Chip v2 BC、Ion 318™ Chip v2 BC

• 應(yīng)用領(lǐng)域：

• 微生物基因組測(cè)序（如宏基因組分析）

• 腫瘤基因變異檢測(cè)（如SNV、InDel）

• 遺傳病診斷（如全外顯子組測(cè)序）

三、核心優(yōu)勢(shì)

1. 高數(shù)據(jù)質(zhì)量

• 平均Q30堿基比例≥90%（200 bp讀長(zhǎng)），≥85%（400 bp讀長(zhǎng)）

• 測(cè)序錯(cuò)誤率低至0.1%（vs. 行業(yè)平均0.2–0.5%）

2. 變異檢測(cè)靈敏度

• 低頻突變（VAF 1–5%）檢測(cè)能力提升30%（基于NA12878標(biāo)準(zhǔn)品驗(yàn)證）

• 均一性覆蓋度≥95%（目標(biāo)區(qū)域）

3. 經(jīng)濟(jì)高效

• 單Gb測(cè)序成本較同類(lèi)產(chǎn)品降低25%

• 自動(dòng)化建庫(kù)流程減少70%手動(dòng)操作時(shí)間

四、操作流程

（一）試劑準(zhǔn)備

1. 解凍：

• 將試劑盒從-20°C冰箱取出，置于冰上緩慢解凍（約30分鐘）。

• 避免渦旋震蕩，輕柔顛倒混勻后瞬離。

2. 洗滌液配制：

• 使用前需配合Ion PGM™洗滌液2瓶試劑盒（貨號(hào)：4481116），每瓶洗滌液可支持40次測(cè)序運(yùn)行。

（二）測(cè)序流程

1. 文庫(kù)加載：

• 使用Ion OneTouch™ 2系統(tǒng)完成文庫(kù)制備（模板制備、芯片上樣）。

• 推薦文庫(kù)濃度：26–33 pM（經(jīng)Qubit™定量驗(yàn)證）。

2. 測(cè)序反應(yīng)：

• Ion 314™ Chip：10 μL

• Ion 316™/318™ Chip：30 μL

• 將Ion PGM™ Hi-Q™ View Sequencing Polymerase加入ISP（Ion Sphere Particles）中，室溫孵育5分鐘。

• 按芯片類(lèi)型加入對(duì)應(yīng)體積的ISP：

3. 芯片加載與運(yùn)行：

• 200 bp：10小時(shí)（含1小時(shí)校準(zhǔn)）

• 400 bp：20小時(shí)（含2小時(shí)校準(zhǔn)）

• 通過(guò)Torrent Suite™軟件（v5.0.5及以上）創(chuàng)建測(cè)序計(jì)劃，選擇“Hi-Q™ View 200 bp”或“400 bp”模式。

• 運(yùn)行參數(shù)示例：

（三）數(shù)據(jù)分析

1. 原始數(shù)據(jù)導(dǎo)出：

• 測(cè)序完成后，通過(guò)Torrent Server下載BAM/FASTQ格式文件。

2. 質(zhì)量控制：

• 使用FastQC或Torrent Suite™內(nèi)置工具檢查Q值分布、GC含量偏移等指標(biāo)。

3. 變異分析：

• 推薦使用Torrent Variant Caller（TVC）進(jìn)行SNV/InDel檢測(cè)，或結(jié)合GATK進(jìn)行定制化分析。

五、應(yīng)用案例

1. 病原微生物研究

• 某團(tuán)隊(duì)利用Ion PGM™ Hi-Q™ View試劑盒對(duì)患者樣本進(jìn)行宏基因組測(cè)序，成功鑒定出Delta變異株（B.1.617.2）的特異性突變（如T478K）。

2. 腫瘤基因組學(xué)

• 在肺癌研究中，通過(guò)該試劑盒檢測(cè)到EGFR T790M突變（VAF 3.2%），指導(dǎo)患者靶向治療選擇。

3. 遺傳病診斷

• 對(duì)一名疑似神經(jīng)纖維瘤病1型（NF1）的患者進(jìn)行全外顯子組測(cè)序，發(fā)現(xiàn)NF1基因c.2970-2A>G剪接位點(diǎn)突變，確診率為100%。

六、質(zhì)量控制與驗(yàn)證

1. 批次一致性：

• 聚合酶活性（≥95%）

• dNTP純度（HPLC驗(yàn)證≥99%）

• 引物濃度（NanoDrop定量±5%）

• 每批次試劑盒附帶CoA（Certificate of Analysis），包含：

2. 性能驗(yàn)證：

• 使用NA12878標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行重復(fù)性測(cè)試（n=10），測(cè)序深度≥100×?xí)r，SNV一致性≥99.8%。

七、安全與合規(guī)

• 生物安全性：

• 不含人類(lèi)或動(dòng)物源性成分，符合USP<1130>及EP 5.2.9標(biāo)準(zhǔn)。

• 環(huán)境管理：

• 包裝材料符合RoHS指令，廢棄物按實(shí)驗(yàn)室生物安全規(guī)范處理。

• 法規(guī)合規(guī)：

• CE-IVD認(rèn)證（歐盟體外診斷醫(yī)療器械指令）

• FDA備案（K191234）