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之前小翌給大家分享了如何設(shè)計qPCR引物這個實用干貨(過癮！一文搞懂qPCR引物設(shè)計，實驗達(dá)人技能！)，不少小伙伴覺得挺過癮的。但是仍有不少小伙伴表示，自己設(shè)計的引物還要做實驗再驗證，要是設(shè)計的引物出現(xiàn)問題，又得重新設(shè)計等一段時間才能開展自己的實驗，有沒有可以直接用的引物序列呢？畢竟物種的基因組正常情況下不會發(fā)生太大變化。
哈哈哈，又來給小翌上強(qiáng)度了，小翌今天針對小伙伴們的需求，給大家上干貨！這一篇給大伙兒介紹如何站在巨人的肩膀上更高效地獲得一些qPCR引物序列~
其實在之前的干貨中，有提到一個數(shù)據(jù)庫--Primerbank，它是哈佛大學(xué)的一個PCR引物數(shù)據(jù)庫，包含 306,800 多種引物，涵蓋大多數(shù)已知的人類和小鼠基因。通過 Real Time PCR 測試了與 27681 個小鼠基因相對應(yīng)的 26855 對引物，然后對 PCR 產(chǎn)物進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳和測序。根據(jù)瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果，設(shè)計成功率為 82.6%（22187 對引物）。
首先在NCBI上找到目的基因的gene ID，例如，這里選用老鼠基因IL6的gene ID 16193。
Search by選擇 NCBI Gene ID，Species選擇Mouse，輸入16193，點(diǎn)擊Submit，即可獲得相關(guān)引物。
看到這，有些小伙伴會表示，自己的研究涉及到的生物樣本不是人或者老鼠，這咋辦？這個方法不適合。別著急，既然國外有專門的院校和網(wǎng)站有引物數(shù)據(jù)庫，我們國內(nèi)自然也不會少！
ICG數(shù)據(jù)庫是北京基因組所在生命與健康大數(shù)據(jù)中心開發(fā)的國際上實時定量PCR內(nèi)參基因知識庫，對經(jīng)生物學(xué)實驗手段鑒定出的內(nèi)參基因及其應(yīng)用實驗實現(xiàn)了有效的挖掘、整合及注釋。截止2023年，已收錄了540個物種，766個研究中的內(nèi)參基因數(shù)據(jù)。
以植物當(dāng)中的擬南芥為例，我們從該數(shù)據(jù)庫中可以獲取相關(guān)應(yīng)用的內(nèi)參基因信息。
小伙伴們看到這，心想內(nèi)參基因引物序列拿到了，那非內(nèi)參基因?qū)?yīng)的引物序列有沒有類似便捷的數(shù)據(jù)庫呢？
哈哈，有！小翌根據(jù)這個需求找到一款由國內(nèi)西南大學(xué)團(tuán)隊開發(fā)的數(shù)據(jù)庫-qPrimerDB。
qPrimerDB
該引物數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)絡(luò)前端提供 1000 多個重要基因組（包括人類、小鼠、斑馬魚、酵母、水芹、水稻、玉米等）的基因特異性和預(yù)計算的 qPCR 引物對。qPrimerDB 提供了一個交互式且信息豐富的 Web 圖形界面，用于將搜索和 BLAST 結(jié)果顯示為基于表的描述和相關(guān)鏈接。在該數(shù)據(jù)庫中，為每個基因設(shè)計了超過 1000 萬對引物對。qPrimerDB 還支持批量下載最佳基因特異性 qPCR 引物對和可能的基因特異性 qPCR 引物對。因此，qPrimerDB 構(gòu)成了基因表達(dá)分析的寶貴資源，將為研究人員節(jié)省寶貴的時間。
以昆蟲中的果蠅為例，輸入目的基因相關(guān)的CDS ID或者CDS Note，獲取相關(guān)基因的序列。
當(dāng)然，仍有可能出現(xiàn)數(shù)據(jù)庫中沒有需求基因引物序列的情況。這時候還是需要基于我們在做研究時看的文章或自主引物設(shè)計獲取相關(guān)的引物序列，用于研究探索。
以上便是小翌給大家分享的干貨了，希望對大家有所幫助~
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