(1)干細(xì)胞細(xì)胞膜通透性的差異：活細(xì)胞的細(xì)胞膜是一種選擇性膜，對細(xì)胞起保護和屏障作用，只允許物質(zhì)選擇性的通過;而細(xì)胞死亡之后，細(xì)胞膜受損，通透性增加。

(2)死活細(xì)胞在代謝上的差異：由于活細(xì)胞中新陳代謝的作用，使細(xì)胞內(nèi)具有較強的還原能力，而死細(xì)胞或代謝緩慢的老細(xì)胞，則因它們的無還原能力或還原能力極弱。

常見的細(xì)胞染料有：中性紅(細(xì)胞器的專有染料)、臺盼藍(lán)、甲基藍(lán)、美藍(lán)、熒光素雙醋酸酯(FDA)等。

① 中性紅染色：常用染料之一，是細(xì)胞器的專有染料。利用干細(xì)胞膜的通透性差異，用來染原生動物和顯示動植物組織中活細(xì)胞的內(nèi)含物等。中性紅無毒，常做活體染色的染料。

② 臺盼藍(lán)染色：當(dāng)細(xì)胞損傷或死亡時，臺盼藍(lán)可穿透變性的細(xì)胞膜，與解體的DNA 結(jié)合，使其著色。而活細(xì)胞能阻止染料進入細(xì)胞內(nèi)。故可以鑒別死細(xì)胞與活細(xì)胞。嚴(yán)格來說，臺盼藍(lán)染色檢測的是細(xì)胞膜的完整性，通常認(rèn)為細(xì)胞膜喪失完整性，即可認(rèn)為細(xì)胞已經(jīng)死亡。通過顯微鏡很容易就能識別出死亡的被臺盼藍(lán)染色的細(xì)胞，并可使用細(xì)胞計數(shù)器進行計數(shù)。

③ 美藍(lán)染色法：美藍(lán)是一種無毒性染料，它的氧化型是藍(lán)色的，而還原型是無色的，用它來對活細(xì)胞進行染色，由于細(xì)胞中新陳代謝的作用，使細(xì)胞內(nèi)具有較強的還原能力，能使美藍(lán)從藍(lán)色的氧化型變?yōu)闊o色的還原型，所以活細(xì)胞無色，而對于死細(xì)胞或代謝緩慢的老細(xì)胞，則因它們無此還原能力或還原能力極弱，而被美藍(lán)染成藍(lán)色或淡藍(lán)色。因此，用美藍(lán)水浸片不僅可觀察酵母的形態(tài)，還可以區(qū)分死、活細(xì)胞.

④ 干細(xì)胞甲基藍(lán)染色法：甲基藍(lán)染色與臺盼藍(lán)類似的染色機理。